Si la présence de l'âne en France centrale remonte à l'époque romaine, l'identité spécifique de l'âne bourbonnais s'est forgée au fil des siècles dans le bocage de l'Allier. Dans cette région d'exploitations agricoles de taille modeste (les métairies), l'âne était préféré au cheval car il était moins coûteux à l'achat, plus sobre et capable de travailler sur des terrains difficiles.

Dès le Moyen Âge et jusqu'à la Révolution, il est le compagnon indispensable du paysan bourbonnais pour le transport de l'eau, du grain vers le moulin, et du bois de chauffage.

Le XIXe siècle marque l'apogée de l'utilisation de l'âne dans le Bourbonnais, où ses effectifs étaient particulièrement denses. Son rôle s'est alors diversifié de manière spectaculaire :

L'industrie minière : Dans les bassins houillers de Commentry et de Bézenet, l'âne bourbonnais était utilisé pour le transport du charbon en surface. Sa petite taille et sa force permettaient de circuler dans des passages étroits.

Le halage : Sur le canal de Berry et le canal latéral à la Loire, il était employé pour le halage de petites embarcations. Bien que moins puissant qu'un cheval de trait, son endurance et sa régularité étaient très appréciées.

Le maraîchage : C'est sans doute l'image la plus iconique de la race. Les maraîchers de la région de Moulins ou de Montluçon utilisaient l'âne pour tirer des charrettes chargées de légumes vers les marchés locaux.

Le lait d'ânesse : À Vichy, ville thermale en plein essor sous Napoléon III, le lait d'ânesse bourbonnaise était vendu pour ses vertus thérapeutiques et cosmétiques auprès de la haute société.

Comme pour toutes les races de trait, la révolution agricole des années 1950 et la généralisation du tracteur et de la camionnette ont rendu l'âne bourbonnais obsolète d'un point de vue utilitaire.

En l'espace de trente ans, la population a chuté de façon vertigineuse. Les ânes n'étaient plus élevés que par quelques agriculteurs attachés à leurs traditions ou comme animaux de compagnie dans les fermes. À la fin des années 1980, la race n'était plus identifiée officiellement et risquait d'être diluée dans des croisements désordonnés.

Le sauvetage de la race commence en 1994 avec la création de l'Association de l'Âne Bourbonnais. Des passionnés et des éleveurs locaux ont entrepris de recenser les derniers individus correspondant au phénotype historique (notamment la robe « gris tourterelle » avec la bande cruciale sur le dos, dite croix de Saint-André).

L'effort de structuration génétique a porté ses fruits : en octobre 2002, le ministère de l'Agriculture et les Haras Nationaux ont officiellement reconnu l'Âne Bourbonnais comme la 6ème race asine française. Cette reconnaissance a permis de mettre en place un stud-book rigoureux et de garantir la sauvegarde de ce patrimoine génétique.

Depuis sa reconnaissance, l'histoire de l'âne bourbonnais a pris une nouvelle direction. Il est passé du statut d'outil de travail à celui de partenaire de loisirs. Aujourd'hui, il est l'ambassadeur du tourisme vert dans l'Allier, utilisé pour la randonnée bâtée et la médiation animale (asinothérapie), renouant ainsi avec son tempérament calme et sa proximité historique avec l'homme.