L'origine de la race remonte aux populations équines indigènes qui peuplaient les zones montagneuses d'Émilie-Romagne, de Toscane, des Marches et des Abruzzes. Depuis le Moyen Âge, ces petits chevaux rustiques étaient les compagnons indispensables des « Carbonari » (charbonniers), des bergers et des agriculteurs de montagne.

Ils étaient sélectionnés empiriquement pour leur capacité à survivre dans des conditions climatiques extrêmes et à travailler sur des pentes abruptes inaccessibles aux autres animaux de trait.

Avec la mécanisation de l'agriculture après la Seconde Guerre mondiale, le cheval de montagne italien a failli disparaître. Pour redonner une utilité économique à ces chevaux et éviter l'abandon des terres de haute altitude, les éleveurs locaux, sous l'impulsion de l'État italien, ont cherché à améliorer la morphologie des populations locales.

Dans les années 1960 et 1970, des croisements ont été opérés de manière plus systématique, notamment avec le Franches-Montagnes (Suisse) et le Comtois (France). L'objectif était d'augmenter la masse musculaire et la taille de l'animal pour la production de viande et le trait léger, tout en conservant le tempérament froid et la résistance aux maladies du cheval des Apennins originel.

Le tournant majeur dans l'histoire de la race survient à la fin du XXe siècle. Les éleveurs, principalement en Émilie-Romagne et en Toscane, ont pris conscience que le « Cheval des Apennins » possédait une identité propre qui méritait d'être protégée contre les croisements désordonnés.

En 1993 : Un registre de population a commencé à être tenu par l'Association Italienne des Éleveurs (AIA).

En 2010 : La race a franchi une étape historique en étant officiellement reconnue par le Ministère des Politiques Agricoles, Alimentaires et Forestières italien. L'approbation du standard de la race a permis de stabiliser ses caractéristiques et de lancer un véritable programme de sélection.

L'histoire du Cheval des Apennins est indissociable de la gestion des pâturages de montagne. Contrairement aux races de sport élevées en box, l'histoire de ce cheval s'est écrite en plein air. La sélection a toujours favorisé les individus capables de vivre en troupeaux semi-sauvages, ce qui a permis de maintenir l'équilibre écologique des zones marginales de l'Italie.

Aujourd'hui, l'histoire de la race entre dans une phase de diversification. Autrefois bête de somme ou de boucherie, le Cheval des Apennins est devenu le protagoniste du tourisme équestre durable en Italie. Il incarne le renouveau des zones rurales et la fierté des populations montagnardes italiennes.