On pense que l'Appaloosa, qui est resté sans vrai appellation pendant longtemps, est un descendant des anciens chevaux utilisés par les nomades d'Asie centrale il y a environ 3500 ans.

Bien avant l'établissement officiel et la reconnaissance de la race aux États Unis, il était très connu en Europe. En effet, des dessins rupestres de chevaux tachetés furent découverts en France dans les grottes de Lascaux et celles de Pech Merle.

En Grèce et en Égypte des oeuvres d'art de chevaux tachetés, datées du XIVème siècle avant notre ère, ont été découvertes et des oeuvres similaires, remontant au VIIIème siècle avant notre ère, ont été trouvées en Autriche et en Italie.

Des preuves ont également fait surface, révélant que les anciens Persans vénéraient aussi le cheval tacheté comme une monture digne des héros. En Chine d'anciennes oeuvres d'art datant du VIIème siècle illustre également le cheval tacheté.

L'Appaloosa a fait son apparition sur le territoire américain à la fin du XVIIIème siècle, au moment où le cheval tacheté, devenu de moins en moins populaire en Europe, est vendu par leur propriétaire, pour s'en débarrasser, au Nouveau Monde.

Il a ensuite été acheté, quelquefois capturé, par les indiens locaux, en particulier la tribu des Nez Percés, dans l'Oregon, l'Idaho et dans la zone de Washington, car il était très apprécié pour ses taches qui se révélaient être un bon camouflage.

Les Indiens, particulièrement compétents en matière d'élevage et de gestion de troupeaux, ont permis à l'Appaloosa de prospérer et se propager.

En 1877, après la reddition des Nez Percés, le cheptel est décimé par l'armée américaine qui le considère comme une arme non négligeable pour les indiens. Certains chevaux vont jusqu'à servir de cible au cours des entraînements.

Après cela, quelques propriétaires vont encore l'utiliser en tant que cheval de bétail. En 1937, Francis Haines, un historien passionné d'équitation, publie un article sur l'Appaloosa dans une revue équestre.

L'intérêt qu'il suscite auprès des lecteurs est tel que d'autres articles vont voir le jour, et le public va apporter son soutien à la race. Baptisé le « cheval Palouse », empruntant le nom d'une rivière locale, il devient « palousé » puis se transforme, en langue anglaise, en « Appalosey », puis devient finalement « Appaloosa »

Après avoir fait des recherches sur les descendants de l'Appaloosa originel, des passionnés, comme Claude Thompson et le Docteur Francis Haines, vont se mobiliser.

C'est en tout 5000 individus qui seront sélectionnées pour constituer les bases du nouvel Appaloosa. Le 30 décembre 1938, l'« Association du Cheval Appaloosa » voit le jour dans l'Idaho et établit des normes d'élevage.

C'est au cours de la même année que la race a été officiellement reconnue et que le registre généalogique est créé. De nos jours, l'« Association du Cheval Appaloosa », qui existe toujours, compte plus de 600 000 chevaux enregistrés.

Présenté pour la première fois en Allemagne en 1975, lors du salon Equitana, l'Appaloosa, doté d'un grand sang froid, facile à monter et paisible malgré son tempérament, a trouvé de nombreux adeptes en Europe.

L'Appaloosa de type « fondation » descend en ligne droite des premiers chevaux qui furent répertoriés lors de la création du registre généalogique en 1938, c'est le cheval originel qui n'a donc pas, ou extrêmement peu, de sang d'autres races dans ses veines.

Même si il est de nos jours très méconnu, il est toujours élevé par de véritables passionnés. Il existe également l'Appaloosa « moderne », qui reste approuvé s'il est croisé avec un Quarter Horse, inscrit auprès de l'« Association Américaine du Quarter Horse », un Pur Sang, inscrit auprès du Jockey Club des États Unis d'Amérique, ou un Arabe, inscrit à un registre de l'« Association du Cheval Arabe ».