L’histoire de l’Appaloosa commence avec l’arrivée des conquistadors espagnols sur le continent américain. Ces chevaux, descendants de montures ibériques, portaient déjà les gènes de robes tachetées (gènes L Leopard). Suite à la révolte des Pueblos en 1680, des chevaux s'échappent ou sont capturés, se propageant rapidement vers le Nord par le biais du commerce et des guerres inter-tribales.

Vers 1730, le peuple Nez-Percé (ou Nimiipuu), installé dans le nord-ouest des États-Unis (actuels Idaho, Washington et Oregon), acquiert ses premiers chevaux. Contrairement à de nombreuses autres tribus, les Nez-Percés pratiquent une sélection rigoureuse.

Ils castrent les mâles jugés médiocres et n'autorisent que les meilleurs étalons à se reproduire. Ils recherchent des chevaux rapides, endurants, courageux et dotés d'un pied sûr pour les montagnes Rocheuses.

Leurs chevaux deviennent célèbres pour leur robe tachetée, que les colons blancs appellent « A Palouse Horse » (un cheval de la rivière Palouse), terme qui dérivant avec le temps vers « Palousey », puis « Appaloosa ».

En 1877, fuyant l’armée américaine qui tente de les parquer dans des réserves, les Nez-Percés entament une fuite désespérée de plus de 2 000 km à travers des terrains accidentés. Leurs chevaux Appaloosas accomplissent des prouesses de résistance inouïes.

Cependant, après la reddition du Chef Joseph à Bear Paw, l'armée confisque les troupeaux. Les chevaux sont vendus, dispersés ou purement et simplement abattus pour briser l'autonomie du peuple Nez-Percé. Pendant près de 60 ans, la race n’existe plus officiellement et se dilue dans les troupeaux de ranchs.

Il faut attendre 1938 pour que l'intérêt pour cette race historique renaisse. Claude Thompson, un agriculteur de l'Oregon, conscient de la valeur génétique de ces chevaux, fonde l'Appaloosa Horse Club (ApHC) à Moro.

L'objectif est de retrouver les descendants des chevaux Nez-Percés originels et de stabiliser la race. Pour affiner le modèle et éviter la consanguinité, des croisements sont autorisés avec le Quarter Horse, le Pur-sang Anglais et, dans une moindre mesure, l'Arabe. L'Appaloosa devient alors un cheval de sport et de travail de premier plan.

En 1975, l'Appaloosa est officiellement nommé « cheval de l'État de l'Idaho ». Aujourd'hui, l'ApHC est l'un des registres de race les plus importants au monde, avec plus de 600 000 chevaux enregistrés. La race a conservé son tempérament calme et sa polyvalence, tout en devenant une icône de la culture western moderne.