Pour comprendre l’histoire de l’AraAppaloosa, il faut observer l’évolution du registre de l’Appaloosa américain (ApHC) au XXe siècle. Après la fondation du club en 1938, de nombreux éleveurs ont croisé les chevaux tachetés avec des Quarter Horses pour produire des animaux adaptés au travail de ranch et au rodéo.

Ce croisement a transformé l’Appaloosa en un cheval de type « Stock Horse » : musclé, massif et plus court.

Cependant, une partie des éleveurs, menée par les pionniers de la race comme Claude Thompson, affirmait que le cheval originel des Nez-Percés était beaucoup plus proche du cheval oriental (Arabe - Barbe) : fin, élancé, doté d'une encolure longue et d'une grande endurance.

L’histoire de la race s’appuie sur des recherches historiques suggérant que les ancêtres espagnols des chevaux amérindiens possédaient une forte influence de sang Barbe et Arabe. Les Nez-Percés, en sélectionnant les chevaux les plus endurants et les plus élégants pour leurs chasses et leurs guerres, auraient involontairement préservé un phénotype très proche du cheval arabe, tout en conservant les robes tachetées.

Claude Thompson, le premier président de l’Appaloosa Horse Club, était un fervent défenseur de l’apport de sang Arabe. Il croyait que pour conserver la qualité de la robe et la finesse de la race, le croisement avec l’Arabe était non seulement bénéfique mais nécessaire. Dans les premières années du stud-book Appaloosa, les chevaux issus de ces croisements étaient la norme d'excellence.

Cependant, à mesure que l'influence du Quarter Horse devenait dominante dans le registre Appaloosa, ceux qui préféraient le type plus léger ont senti le besoin de protéger ce modèle spécifique.

Le tournant décisif survient en 1967 (officiellement structuré en 1970) avec la création de l'International AraAppaloosa Association (IAAA) par Arndis Walker et d'autres éleveurs passionnés.

Préserver et promouvoir le cheval possédant à la fois le sang Arabe et les taches de l'Appaloosa.

Établir un registre pour les chevaux ayant un minimum de 50 % de sang Arabe et répondant aux critères de robe Appaloosa.

Reconnaître l'AraAppaloosa comme une race à part entière, définie par son élégance « désertique » plutôt que par sa masse musculaire.

L'AraAppaloosa s'est ainsi distingué comme la monture de choix pour ceux qui souhaitaient retrouver le « cheval des plaines » tel qu'il apparaissait sur les gravures du XIXe siècle. Au fil des décennies, la race a gagné en reconnaissance, non pas comme un produit de l'industrie du loisir, mais comme un hommage vivant au génie des éleveurs Nez-Percés et à la pureté des lignées arabes.