Les origines du cheval Aragonais remontent à la préhistoire de la péninsule Ibérique. Il descend des chevaux sauvages qui peuplaient le nord de l'Espagne, partageant des ancêtres communs avec le cheval de Pure Race Espagnole (PRE) et le Pottok.

Dans l'Antiquité, les peuples celtibères de la région d'Aragon étaient déjà réputés pour leur cavalerie. Ces chevaux étaient alors petits, extrêmement robustes et dotés d'un « pied sûr » indispensable pour manœuvrer dans les zones montagneuses. Ils étaient appréciés par les Romains pour leur endurance et leur tempérament guerrier.

Au cours du Moyen Âge, l'Aragon devient un royaume puissant. Le cheval local joue un rôle crucial dans la Reconquista. À cette époque, la race se scinde en deux types :

Le cheval des plaines : Plus proche du cheval de selle, influencé par le sang arabe après l'invasion mauresque, utilisé pour la guerre et le prestige.

Le cheval de montagne : Resté plus pur et plus rustique, utilisé pour le transport et les travaux dans les vallées pyrénéennes.

Sous la Couronne d'Aragon, ces chevaux ont été exportés vers l'Italie et le sud de la France, influençant d'autres lignées méditerranéennes. Le cheval Aragonais était alors synonyme de sobriété : il était capable de travailler avec des rations de nourriture minimales tout en supportant des climats extrêmes.

Le XIXe siècle marque un tournant majeur et paradoxal pour l'histoire de la race. Avec le développement de l'agriculture intensive et le besoin de chevaux de transport plus lourds (les diligences), le modèle léger aragonais commence à être délaissé.

Pour répondre à cette demande, de nombreux croisements ont été effectués avec des chevaux de trait, notamment le Breton et le Percheron. Cette période a failli faire disparaître le type originel de selle au profit d'un cheval de trait léger, plus massif, que l'on appelle aujourd'hui le Caballo de Monte Aragonés (Cheval de Montagne Aragonais).

Comme la plupart des races de travail, le cheval Aragonais a subi de plein fouet la mécanisation des campagnes après la guerre civile espagnole (1936-1939). Les effectifs se sont effondrés.

Dans les années 1970 et 1980, la race n'était plus maintenue que par quelques éleveurs traditionnels dans les zones reculées des Pyrénées aragonaises, souvent pour la production de viande, ce qui a encouragé une sélection vers des modèles encore plus lourds.

À la fin du XXe siècle, une prise de conscience patrimoniale s'opère. Des historiens et des éleveurs passionnés décident de sauver ce qu'il reste du patrimoine génétique aragonais.

L'histoire récente de la race est marquée par la création d'associations spécialisées, comme l'Association des Éleveurs de Chevaux de Montagne Aragonais. Le gouvernement d'Aragon a mis en place des programmes de conservation pour stabiliser la race et définir son standard officiel.

Aujourd'hui, l'Aragonais est reconnu comme une race en danger d'extinction, faisant l'objet de mesures de protection strictes pour préserver son identité génétique unique.