Bien que la race moderne date du XIXe siècle, ses racines sont bien plus anciennes. Dès le Moyen Âge, des chevaux de petite taille, robustes et à la robe dorée, sont mentionnés dans les écrits sud-tyroliens.

Une légende locale raconte même que l’empereur Louis IV de Bavière, au XIVe siècle, aurait offert à son fils Louis V, margrave de Brandebourg, un étalon oriental pour son mariage avec Marguerite de Tyrol. Ce croisement entre des chevaux arabes et les juments locales de montagne aurait jeté les bases génétiques de la race, expliquant la finesse et la robe caractéristique (alezan aux crins lavés) de l'Avelignese actuel.

L'histoire moderne et officielle de l'Avelignese commence précisément en 1874. C’est cette année-là que naît l’étalon Folie 249, dans l'élevage de Josef Folie à Sluderno.

Folie est le fruit d'un croisement entre une jument locale de type galicien, réputée pour sa force, et un étalon arabe de grande lignée nommé El' Bedavi. Folie possédait toutes les caractéristiques recherchées : la puissance de la montagne héritée de sa mère et l'élégance ainsi que l'endurance de son père.

Tous les chevaux Avelignese de pure race aujourd'hui descendent obligatoirement, par lignée mâle, de cet unique étalon.

Au début du XXe siècle, le berceau de la race appartient à l'Empire austro-hongrois. Cependant, après la Première Guerre mondiale et le Traité de Saint-Germain (1919), le Tyrol du Sud est rattaché à l’Italie.

C’est à cette période que le nom « Avelignese » s'impose officiellement dans la péninsule, traduction italienne de Haflinger (le village de Hafling devenant Avelengo). Le gouvernement italien prend alors conscience de la valeur stratégique de ce cheval.

En 1921, la première Commission pour la sélection du cheval Avelignese est créée à Bolzano, marquant le début de l'élevage national structuré.

Pendant l'entre-deux-guerres et durant la Seconde Guerre mondiale, l'Avelignese devient le partenaire indispensable des Alpini (les troupes de montagne italiennes). Sa petite taille lui permet de se faufiler dans les sentiers les plus étroits, tandis que sa force lui permet de transporter l'artillerie et les vivres en haute altitude.

Parallèlement, dans les fermes italiennes, il remplace avantageusement des animaux plus lourds. Sa polyvalence en fait le « tracteur des pauvres », capable de labourer, de débarder le bois en forêt et de mener la famille à l'église le dimanche.

Après 1945, la mécanisation menace la race. Cependant, les éleveurs italiens réorientent la sélection. En 1971, l'ANACRHAI (Association Nationale des Éleveurs de Chevaux de Race Haflinger - Italie) est fondée.

L'objectif historique change : on cherche désormais un cheval plus grand, plus léger et plus sportif, cpable de briller dans l'équitation de loisir tout en conservant son caractère « doré ». L'Italie devient alors l'un des plus grands centres d'élevage au monde, rivalisant de prestige avec l'Autriche.