Bien que la population actuelle soit de formation récente, son patrimoine génétique est lié aux chevaux qui peuplent la Macédoine et la Thessalie depuis l'Antiquité. Dans la Grèce antique, cette région était célèbre pour sa cavalerie.

Les ancêtres lointains des chevaux de l'Axios sont probablement les petits chevaux grecs de type Pindos ou Thessalien, des animaux robustes, de petite taille, habitués aux terrains difficiles et à un climat contrasté.

L'histoire moderne du cheval Axios commence par une rupture technologique. Jusqu'au milieu du XXe siècle, les agriculteurs de la plaine de Thessalonique utilisaient massivement les chevaux pour le labour, le transport et les travaux des champs.

Avec l'arrivée massive des tracteurs et la mécanisation de l'agriculture dans les années 1960 et 1970, le cheval est devenu « obsolète » pour l'économie locale. Plutôt que de les vendre pour la boucherie ou de les abattre, de nombreux fermiers grecs ont choisi de relâcher leurs chevaux dans les zones humides et les marais du delta de l'Axios, pensant qu'ils y vivraient leurs derniers jours en paix.

Contrairement aux attentes, ces chevaux domestiques n'ont pas péri. Ils se sont regroupés en hardes et ont entamé un processus de retour à la vie sauvage.

Pendant plusieurs décennies, une sélection naturelle impitoyable s'est opérée. Seuls les individus les plus robustes, capables de se nourrir de la végétation spécifique des zones humides (plantes halophytes, roseaux) et de se déplacer dans les eaux saumâtres et les sols vaseux, ont survécu.

Ce mode de vie a forgé une population homogène, extrêmement résistante aux maladies et dotée d'un instinct de survie très développé.

À partir des années 1990, le public et les scientifiques grecs ont commencé à s'intéresser à ces « chevaux sauvages ». Ce qui n'était au départ qu'un abandon est devenu une curiosité biologique et un symbole de la biodiversité grecque.

L'histoire de l'Axios est intimement liée à la création du Parc National du delta de l'Axios-Loudias-Aliakmonas. Les chevaux sont devenus des acteurs écologiques majeurs : en pâturant, ils empêchent l'embroussaillement des marais, favorisant ainsi la présence de nombreuses espèces d'oiseaux migrateurs.

Aujourd'hui, l'histoire du cheval Axios se poursuit sous la surveillance d'organisations environnementales. Bien qu'ils ne soient pas une race officiellement enregistrée avec un standard esthétique fixe, ils sont reconnus comme un « éco-type » unique. Ils représentent le souvenir vivant de l'agriculture traditionnelle grecque, transformé par la nature en un symbole de liberté indomptable.