L'histoire du cheval Bajau ne commence pas à Bornéo, car l'île ne possédait pas d'équidés indigènes. On estime que les premiers ancêtres de cette race ont été introduits entre le XVIe et le XVIIe siècle via les routes commerciales maritimes.

Ces chevaux étaient initialement des poneys robustes venus du sud de la Chine, de Java ou de l'archipel de Sulu (Philippines). Ils ont été introduits par des commerçants et des émissaires des Sultanats voisins. À cette époque, le cheval était un bien de luxe, utilisé principalement par l'élite locale pour le transport et comme symbole de prestige.

Le tournant historique majeur se produit lorsque les Bajau Samah, un groupe ethnique traditionnellement tourné vers la mer et vivant dans des maisons sur pilotis, s'installent dans les plaines fertiles de la côte ouest de Sabah, particulièrement autour de Kota Belud.

En s'adaptant à la vie terrestre, les Bajau ont adopté le cheval avec une maîtrise déconcertante. Ils ont transformé ces petits poneys en outils de travail polyvalents pour l'agriculture et le transport dans les zones rurales.

Au fil des générations, une sélection naturelle et humaine s'est opérée : seuls les chevaux capables de supporter la chaleur tropicale humide et de naviguer dans les terrains boueux des rizières ont été conservés.

À la fin du XIXe siècle, sous l'administration de la British North Borneo Company, l'intérêt pour les chevaux s'est intensifié. Les Britanniques, passionnés de courses hippiques, ont introduit des étalons Pur-Sang Arabes et des Thoroughbreds pour augmenter la taille et la vitesse des poneys locaux.

C'est ce mélange entre la rusticité du poney originel d'Asie du Sud-Est et l'élégance des lignées de sang importées qui a fixé le type du « Cheval Bajau » moderne. Plus qu'un simple animal de bât, il est devenu un cheval de sport et de parade, doté d'une agilité exceptionnelle.

L'histoire moderne du cheval Bajau est marquée par sa consécration comme icône nationale de la culture de Sabah. Le festival annuel du Tamu Besar à Kota Belud est le point culminant de cet héritage. Les cavaliers Bajau y paradent fièrement, vêtus de costumes traditionnels éclatants, sur des montures richement harnachées.

Cette tradition a survécu à la motorisation du XXe siècle. Alors que le cheval perdait son utilité pratique, il a gagné une place sacrée dans l'identité malaisienne. Aujourd'hui, le cheval Bajau n'est plus seulement un moyen de transport, mais le gardien d'une tradition équestre qui rappelle que les anciens nomades de la mer sont devenus les maîtres incontestés de la terre de Bornéo.