L'histoire du cheval Bali commence bien loin des plages tropicales. Bien que son origine exacte soit entourée de légendes, les preuves génétiques et morphologiques suggèrent un lien direct avec le cheval de Przewalski, le cheval sauvage originel d'Asie centrale.

On pense que les ancêtres du Bali ont été introduits sur l'archipel indonésien il y a plus de mille ans, probablement par les commerçants chinois sous la dynastie Tang (VIIe siècle) ou lors des expansions mongoles. Une fois isolés sur l'île de Bali, ces chevaux se sont adaptés au climat tropical et au relief volcanique, développant une rusticité exceptionnelle.

Au cours du Moyen-Âge, Bali était une escale importante sur les routes commerciales maritimes reliant la Chine, l'Inde et le monde arabe. Au fil des siècles, le poney local a reçu des apports limités de chevaux venant de ces différentes régions.

Cependant, contrairement à d'autres races indonésiennes comme le Sandalwood (influencé par l'Arabe), le cheval de Bali est resté remarquablement pur. Son isolement géographique et culturel sur une île à majorité hindoue a permis de préserver ses traits ancestraux : la crinière rigide et dressée, ainsi que la raie de mulet (une ligne sombre le long du dos), caractéristiques typiques des chevaux préhistoriques.

Avec l'arrivée des Néerlandais en Indonésie, le rôle du cheval de Bali s'est transformé. Bien que les colons aient tenté d'introduire des chevaux plus grands pour la cavalerie et l'administration, le poney de Bali a prouvé qu'il était le seul capable de travailler efficacement sur les sentiers escarpés et les sols glissants des rizières en terrasses.

Durant cette période, il est devenu le moteur principal du Dokar (la charrette traditionnelle balinaise). L'histoire coloniale a ainsi consolidé le statut du cheval Bali comme outil de transport indispensable pour l'économie locale, reliant les villages isolés des montagnes aux ports de commerce.

Au-delà de son rôle utilitaire, le cheval de Bali occupe une place unique dans l'histoire religieuse de l'île. Dans la cosmologie balinaise, le cheval est souvent associé à la rapidité de l'esprit et au transport des divinités.

Tout au long du XXe siècle, le cheval a été intégré aux rituels et aux cérémonies des temples. L'histoire de la race est indissociable des paysages de Bali : il est le compagnon qui a aidé à construire les temples et à cultiver les terres sacrées.

Contrairement à de nombreuses races qui ont décliné avec la mécanisation, le cheval de Bali a survécu grâce à son importance symbolique et à sa capacité à accéder aux zones où les machines ne peuvent toujours pas aller.