L'histoire du cheval Balkar remonte à l'Antiquité, lorsque les ancêtres des peuples nord-caucasiens ont commencé à domestiquer des chevaux capables de naviguer sur les pentes escarpées du mont Elbrouz. Génétiquement, le Balkar partage une souche commune avec le cheval Kabardin (ou Kabarde).

Cependant, alors que le Kabarde s'est développé davantage dans les contreforts et les plaines, le Balkar est resté isolé dans les hautes vallées.

Cette séparation géographique a permis au Balkar de conserver des traits archaïques et une rusticité extrême. Son histoire est celle d'une adaptation biologique : au fil des siècles, seuls les individus dotés de sabots d'une dureté exceptionnelle et d'un sens de l'équilibre infaillible ont pu se reproduire dans cet environnement de falaises et de pierriers.

Durant le Moyen Âge, le cheval Balkar devient l'outil central de la culture guerrière des montagnards. Pour les Balkars, le cheval n'était pas un luxe, mais une condition de liberté. Dans un contexte de conflits territoriaux fréquents, la capacité du cheval Balkar à effectuer des raids nocturnes sur des sentiers de chèvres, là où aucune autre cavalerie ne pouvait passer, est devenue légendaire.

Les éleveurs balkars pratiquaient une sélection rigoureuse appelée « l'élevage en tabun » (en troupeaux semi-sauvages). Les chevaux passaient l'année entière à l'extérieur, développant une endurance phénoménale et une capacité à trouver de la nourriture sous la neige.

Cette méthode d'élevage a ancré dans l'histoire de la race une résistance aux maladies et une frugalité qui impressionnèrent plus tard les chroniqueurs russes.

Au XIXe siècle, lors de la conquête du Caucase, l'armée impériale russe a découvert les qualités exceptionnelles de ces chevaux de montagne. Le cheval Balkar (souvent regroupé sous l'appellation générique de « cheval circassien » ou « de montagne ») a été massivement intégré dans les régiments de cavalerie de montagne.

L'histoire retient notamment leur rôle crucial lors des guerres russo-turques et plus tard durant la Première Guerre mondiale. Les officiers russes louaient leur capacité à porter de lourdes charges sur des cols à plus de 3 000 mètres d'altitude sans montrer de signes d'épuisement, surpassant de loin les chevaux de plaine européens ou même les pur-sang arabes dans ces conditions spécifiques.

Sous l'ère soviétique, l'histoire du cheval Balkar a connu des turbulences majeures. En 1944, la déportation du peuple Balkar vers l'Asie centrale a failli causer la perte de la race. Durant l'absence des éleveurs traditionnels, de nombreux chevaux ont été absorbés dans les haras d'État sous le nom unique de « race Kabarde ».

Cependant, les lignées Balkars ont persisté grâce à leur utilisation continue par les bergers locaux qui avaient besoin de leurs aptitudes spécifiques pour la transhumance. Dans les années 1960 et 1970, des efforts de sélection ont été entrepris pour restaurer les effectifs, tout en maintenant les standards de performance pour l'endurance.