L'origine du cheval Baloutche remonte aux grandes migrations des peuples aryens et aux échanges constants le long des anciennes routes commerciales reliant la Perse à la vallée de l'Indus. Historiquement, la race est le produit d'un brassage entre les chevaux de type Turcoman (ancêtres de l'Akhal-Teke), réputés pour leur vitesse et leur silhouette élancée, et les chevaux Persans (comme le Nisean de l'Antiquité), célèbres pour leur noblesse et leur force.

Dans les récits épiques de la région, le cheval est célébré comme un don du désert. Les tribus Baloutches ont sélectionné ces animaux sur des siècles pour leur capacité à galoper sur de longues distances sous une chaleur accablante, tout en conservant l'agilité nécessaire pour naviguer dans les cols escarpés des monts Suleiman.

L'histoire de la race a connu son apogée durant la période du Khanat de Kalat (XVIIe - XIXe siècles). Pour les Khans et les chefs de tribus (Sardars), l'élevage équin était une question de prestige politique et de puissance militaire. Le cheval Baloutche était la monture de prédilection des guerriers d'élite.

Contrairement à d'autres régions où les chevaux étaient élevés en grands haras, le cheval Baloutche était souvent élevé de manière individuelle par les familles tribales. Cette méthode d'élevage de proximité a créé un lien psychologique très fort entre l'homme et l'animal, mais a aussi permis de préserver des lignées très pures, chaque clan étant fier de l'ascendance de ses montures.

Un aspect fascinant de l'histoire du Baloutche est sa parenté morphologique avec les races indiennes voisines, le Marwari et le Kathiawari. Comme eux, de nombreux chevaux Baloutches possèdent des oreilles incurvées vers l'intérieur, dont les pointes peuvent se toucher.

Les historiens de l'équitation suggèrent que ces races partagent une base génétique commune issue des chevaux amenés par les envahisseurs mongols et les commerçants arabes. Cependant, le Baloutche a divergé en se spécialisant dans la survie en milieu désertique extrême, développant une peau plus fine et une ossature plus légère que ses cousins indiens.

Sous le Raj britannique (XIXe et début du XXe siècle), le cheval Baloutche a été remarqué par les officiers de cavalerie pour sa bravoure. Bien que les Britanniques aient introduit des Pur-sang anglais pour « améliorer » les races locales, les éleveurs Baloutches ont résisté à ces croisements afin de conserver la rusticité et les caractéristiques uniques de leur race.

Au XXe siècle, après l'indépendance du Pakistan en 1947, le rôle guerrier du cheval a décliné, mais son importance culturelle est restée intacte. Il est devenu le roi incontesté du Nezabazi (Tent pegging), une discipline équestre de cavalerie ancienne où le cavalier doit déterrer une cheville de bois avec une lance au galop.

Cette pratique a permis de maintenir la sélection de chevaux rapides, réactifs et intrépides.