L'histoire du cheval Bandiagara prend racine dans les grandes migrations équines issues d'Afrique du Nord. Il descend principalement du cheval Barbe, introduit au sud du Sahara par les conquêtes almoravides et les routes commerciales transsahariennes dès le Moyen Âge.

Au fil des siècles, ces chevaux d'origine nord-africaine se sont croisés avec des populations de poneys locaux plus anciens, déjà présents dans le bassin du fleuve Niger. Ce brassage génétique a donné naissance à une monture plus petite que le Barbe pur, mais dotée d'une rusticité supérieure, capable de survivre avec un minimum de fourrage et d'eau sous un soleil de plomb.

Le nom « Bandiagara » évoque immédiatement un relief escarpé. Historiquement, cette race a été sélectionnée par les populations locales pour son aptitude à naviguer sur des terrains difficiles, là où les grands chevaux de guerre des empires de la savane (comme ceux des empires Songhaï ou du Kanem-Bornou) auraient échoué.

Dans le contexte du Niger et du Mali, le cheval Bandiagara servait de monture aux chefs de villages et aux guerriers des plateaux. Sa petite taille, loin d'être un handicap, était un atout stratégique : elle permettait une agilité déconcertante dans les éboulis rocheux et les sentiers étroits des falaises, offrant un avantage tactique lors des escarmouches défensives contre les razzias venant des plaines.

Durant la période précoloniale et coloniale, le cheval Bandiagara est devenu un symbole de résistance et d'identité. Contrairement aux chevaux de race « Dongolawi » (plus grands et influencés par l'Arabe), qui étaient souvent l'apanage des aristocraties des grandes plaines du Niger, le Bandiagara est resté le cheval du terroir, lié aux traditions agraires et aux rituels locaux.

Pour les peuples de la boucle du Niger, posséder un cheval Bandiagara n'était pas seulement une nécessité pratique pour le transport ; c'était un signe de noblesse rurale. Lors des fêtes traditionnelles et des cérémonies de fin de récolte, ces chevaux étaient (et sont toujours) parés de cuirasses et de bijoux en cuir, témoignant de leur importance sociale ininterrompue.

Le XXe siècle a marqué un tournant difficile pour la race. Les grandes sécheresses qui ont frappé le Sahel, particulièrement dans les années 1970 et 1980, ont décimé les troupeaux au Niger et au Mali.

La raréfaction des pâturages a mis à mal la survie de ce petit cheval, poussant certains éleveurs à privilégier des croisements pour augmenter la taille des animaux, au risque de perdre la rusticité originelle du Bandiagara.

Aujourd'hui, l'histoire du Bandiagara se poursuit à travers des efforts de préservation menés par des éleveurs passionnés et des organisations locales. Il est désormais reconnu comme un élément du patrimoine génétique ouest-africain, un « cheval-poney » dont la survie historique démontre la capacité des sociétés sahéliennes à façonner une biodiversité domestique en parfaite harmonie avec leur milieu naturel.