L'origine du cheval Batak remonte à plusieurs siècles. Contrairement à une idée reçue, le cheval n'est pas indigène à l'archipel indonésien. Les ancêtres du Batak ont été introduits à Sumatra par le biais des échanges commerciaux et des migrations venus d'Asie continentale.

On estime que la base de la race provient des chevaux mongols et chinois, arrivés dans l'archipel dès le XIIIe siècle, peut-être lors des incursions mongoles ou via le commerce avec les royaumes d'Asie du Sud-Est. Par la suite, l'influence des commerçants arabes et indiens a été déterminante : ils ont introduit du sang Arabe et Persan, ce qui a conféré au poney Batak une finesse de tête et une élégance que l'on ne retrouve pas chez les autres races primitives de la région.

La race tire son nom du peuple Batak, une ethnie guerrière et fière vivant autour du lac Toba. Pour les Batak, le cheval n'était pas seulement un outil de transport, mais un symbole de statut social et de puissance.

Historiquement, le cheval jouait un rôle spirituel majeur. Dans les temps anciens, des chevaux étaient sacrifiés lors des funérailles prestigieuses des chefs de clan (Raja). On croyait que l'âme du cheval porterait l'âme du défunt vers le monde des ancêtres. Cette importance rituelle a poussé le peuple Batak à sélectionner et à protéger ses lignées équestres avec un soin particulier.

Avec l'arrivée des Néerlandais et de la Compagnie néerlandaise des Indes orientales (VOC), la réputation du poney Batak s'est étendue au-delà des montagnes de Sumatra. Les colons ont rapidement reconnu les qualités exceptionnelles de ce petit cheval : sa résistance à la chaleur humide, sa sobriété et son agilité.

Le Batak est devenu une monnaie d'échange précieuse. Il a été exporté vers d'autres îles de l'archipel, notamment à Java, pour améliorer les races locales ou pour servir dans l'administration coloniale. Durant cette période, la race a été surnommée le « Poney de Deli » (du nom du sultanat de Deli à Sumatra), car c'est de ce port qu'ils étaient expédiés vers le reste du monde.

Au XXe siècle, avec la modernisation des transports, le rôle utilitaire du cheval Batak a décliné. Cependant, sa morphologie s'est légèrement modifiée par l'apport de sang plus fin pour en faire un cheval de sport et de loisir pour les jeunes cavaliers.

En 1930, des programmes d'élevage plus formels ont été mis en place pour standardiser la race tout en préservant ses qualités de rusticité. Le Batak a survécu aux bouleversements de la Seconde Guerre mondiale et de l'indépendance de l'Indonésie, restant ancré dans le paysage culturel des hauts plateaux de Sumatra.

Aujourd'hui, l'histoire du cheval Batak continue à travers les fêtes traditionnelles et le tourisme. Bien que la race soit parfois croisée, le « pur » Batak reste un sujet de fierté nationale. Il est considéré comme l'un des quatre meilleurs poneys d'Indonésie (avec le Sumba, le Sandalwood et le Java).