L'ancêtre direct du cheval bavarois moderne est le Rottaler, une race originaire de la vallée de la Rott (Rottal) en Basse-Bavière. Dès le Xe siècle, les monastères et les paysans de cette région fertile élevaient des chevaux réputés pour leur polyvalence.

Au Moyen Âge et à la Renaissance, ces chevaux étaient des « sang-chaud lourds ». Ils étaient assez puissants pour les travaux agricoles et le transport des marchandises, mais possédaient suffisamment de sang et de souplesse pour servir de montures de cavalerie lourde.

Le Rottaler était alors considéré comme l'une des races les plus précieuses d'Europe centrale, exportée jusqu'en Italie et en France.

Le tournant institutionnel de la race a lieu en 1790, lorsque l'électeur de Bavière, Karl Theodor, fonde le Haras d'État de Schwaiganger. Ce haras, toujours en activité aujourd'hui, est devenu le gardien de l'excellence de l'élevage bavarois.

Sous l'influence de la dynastie des Wittelsbach au XIXe siècle, l'élevage s'affine. Pour répondre aux besoins de la cavalerie légère et de la noblesse qui exigeait des chevaux de carrosse élégants, on introduit du sang de Pur-sang Anglais, d'Arabe et de chevaux de selle français. Le but était de conserver la force du Rottaler tout en lui apportant la distinction et la vitesse des races orientales.

Comme toutes les races de travail européennes, le cheval bavarois a traversé une crise majeure après la Seconde Guerre mondiale. Avec la mécanisation de l'agriculture, le besoin de chevaux polyvalents s'est effondré.

Plutôt que de laisser la race disparaître, les éleveurs bavarois ont opéré une sélection radicale dès les années 1960 pour transformer le vieux cheval de ferme en un athlète de haut niveau. Pour accélérer cette transition vers le « cheval de sport », la Bavière a ouvert son stud-book aux influences extérieures majeures :

Les Hanovriens et les Westphaliens pour la structure et le mouvement.

Les Holsteiner pour l'aptitude au saut d'obstacles.

Les Trakehners pour l'élégance et l'endurance.

En 1963, la création de la Landesverband Bayerischer Pferdezüchter (Association des éleveurs de chevaux de Bavière) a formalisé les critères de la race. Le fer à marquer caractéristique, un « B » surmonté d'une couronne, est devenu un gage de qualité reconnu mondialement.

Le cheval bavarois a alors commencé à briller sur la scène internationale, notamment avec des champions comme Lord Sinclair ou Piroschka. La race est devenue indissociable des succès de l'équipe allemande de saut d'obstacles et de dressage.

En 2014, un nouveau chapitre s'est ouvert. Afin de peser davantage face aux géants comme le Selle Français ou le KWPN, le stud-book bavarois s'est associé à d'autres registres d'Allemagne du Sud pour former le Deutsches Sportpferd (DSP).

Aujourd'hui, si l'identité « bavaroise » est fondue dans ce grand registre national, les chevaux nés en Bavière continuent de porter l'héritage d'un terroir millénaire. Le cheval bavarois n'est plus seulement une race géographique, mais une marque d'excellence sportive.