Élevé également au Royaume Uni, le Bavarois est le descendant d'une ancienne race de l'État de Bavière du XIème siècle, le Rottaler qui évoluait dans la vallée de Rott en Allemagne, un lieu très renommé pour la qualité de son sol très favorable aux cultures, et pour ses splendides chevaux.

Dès l'époque des Croisades, le Rottaler, connu sous l'appellation d'« Alezan Rottaler », et considéré comme l'égal du Frison lourd, était très renommé en tant que cheval de cavalerie, et servait également sous la selle et à l'attelage.

Cette race devait certainement être issue d'un croisement entre des espèces locales et orientales.

Sous l'influence des monastères et des nobles, l'élevage devient méthodique entre le XVème siècle et le XVIème siècle.

Vers la fin du XVIIIème siècle, lorsque l'armée eut besoin de chevaux plus légers, on le croisa avec des étalons demi-sang anglais, le Cleveland Bay, le Normand, et le Zweibrücker.

Afin de rendre cette race plus apte aux travaux des champs, on introduisit également du sang d'Oldenbourg à la fin du XIXème siècle, dont l'influence se prolongera pendant quelques dizaines d'années, et qui donnera plus de substance au Rottaler.

Le Bavarois, qui est principalement destiné à concourir dans trois disciplines équestres, est basé sur le sang du Westphalien et de l'Hanovrien, ce dernier dominant aujourd'hui son apparence.

De petites doses de sang du Trakehner et du Pur Sang ont également été utilisées pour le raffinement.

Après l'abandon du Haras d'État de Landshut, le Haras de Schwaiganger (Haupt-und Landgestuet) devint le centre de l'élevage de la race.

Depuis 1963, le Bavarois est enregistré comme une race distincte, et c'est 31 ans plus tard, en 1994, que le registre généalogique de la race sera ouvert.

Le Bavarois n'est pas considéré comme en danger d'extinction, car son effectif est estimé comme étant satisfaisant.