L'origine lointaine du cheval Bobo remonte aux grandes migrations équines à travers le Sahara. Comme la plupart des chevaux d'Afrique de l'Ouest, ses ancêtres sont des chevaux de type Barbe ou Dongola, introduits par les vagues de commerçants et de conquérants venus du Nord.

Cependant, l'histoire du Bobo bifurque lorsqu'il s'installe dans les régions plus humides de la boucle du Mouhoun et autour de l'actuelle ville de Bobo-Dioulasso. Contrairement aux grands chevaux du Sahel, le Bobo a dû faire face à un ennemi redoutable : la mouche tsé-tsé, vecteur de la trypanosomiase.

Au fil des siècles, par une sélection naturelle rigoureuse, la race a diminué en taille pour devenir un poney robuste, développant une tolérance unique aux conditions climatiques et parasitaires de la zone soudanienne.

Historiquement, le cheval n'était pas seulement un outil pour le peuple Bobo ; il était un symbole de statut social et un acteur central du sacré.

Dans l'organisation sociale ancienne, la possession d'un cheval Bobo marquait l'importance d'une famille ou d'un chef de village. Contrairement aux cavaleries de conquête du centre du pays, le cheval Bobo était davantage utilisé pour :

Les rites funéraires : Escorter l'âme des défunts illustres.

Les fêtes agraires : Célébrer les récoltes et la fertilité de la terre.

Les dots : Il constituait autrefois une part prestigieuse des échanges matrimoniaux.

Pendant la période coloniale, l'histoire du cheval Bobo est restée relativement discrète. Alors que les autorités coloniales françaises s'intéressaient aux chevaux de plus grande taille pour la cavalerie militaire, le poney Bobo a continué de vivre dans les villages, préservant sa pureté génétique par son isolement relatif.

Sa petite taille (souvent moins de 1,35 m) l'a protégé des réquisitions massives, lui permettant de rester le serviteur fidèle des paysans pour le transport léger et les déplacements entre les marchés locaux. Il est devenu le symbole d'une paysannerie résiliente, capable de se déplacer là où les grandes montures s'épuisaient.

Au XXe siècle, avec le développement des infrastructures routières et de la motorisation, l'usage utilitaire du cheval Bobo a décliné. Cependant, son importance historique a survécu à travers le sport et le folklore.

Aujourd'hui, l'histoire de la race se prolonge dans les hippodromes du Burkina Faso (notamment à Bobo-Dioulasso) où il participe à des courses locales. Bien que souvent croisé pour augmenter sa vitesse, le « type Bobo » originel reste une référence de rusticité et de courage dans la mémoire collective burkinabè.