Tout commence le 6 avril 1652, lorsque Jan van Riebeeck, pour le compte de la Compagnie néerlandaise des Indes orientales (VOC), débarque au Cap. À cette époque, il n'y a pas de chevaux en Afrique australe.

Les premiers équidés arrivent peu après : des poneys de Java, qui possédaient eux-mêmes du sang Arabe et Persan. Ces petits chevaux robustes constituaient le stock de base. Pendant plus de 150 ans, ce noyau génétique est resté relativement isolé, se forgeant dans le climat rude et les terrains escarpés du Cap.

À la fin du XVIIIe siècle, l'apport de sang nouveau transforme le poney local en un cheval de selle élégant et puissant. L'influence de l'Empire britannique amène des Pur-sang anglais, mais aussi des étalons Hackney et Norfolk Trotter.

C'est à cette époque que naît la réputation mondiale du « Cape Horse ». Il est alors considéré comme l'un des meilleurs chevaux de remonte militaire au monde. Entre 1830 et 1850, des milliers de chevaux Boer du Cap sont exportés vers l'Inde pour l'armée britannique, en raison de leur endurance légendaire et de leur pied sûr.

Le moment le plus critique et le plus glorieux de l'histoire de la race est la Seconde Guerre des Boers. Les commandos Boers, combattant contre l'Empire britannique, dépendaient entièrement de leurs chevaux.

Parcourir des distances immenses avec très peu de nourriture et d'eau.

Rester calme sous le feu.

Survivre aux maladies locales qui décimaient les chevaux importés par les Britanniques.

Le général britannique Lord Kitchener a admis que le cheval Boer était l'élément qui permettait aux commandos de résister si longtemps face à une armée bien plus nombreuse. Malheureusement, cette guerre fut dévastatrice : des dizaines de milliers de chevaux périrent au combat ou furent abattus dans le cadre de la politique de la terre brûlée.

Après 1902, la race a failli disparaître, diluée par des croisements avec des races importées pour le sport. Cependant, un groupe d'éleveurs passionnés, conscients de la valeur historique et génétique de ce survivant, a entrepris de rassembler les derniers spécimens « purs » dans les régions reculées du Transvaal et de l'État libre d'Orange.

En 1948, la Boerperd Society of South Africa est formée pour protéger ce qui reste du Cheval Boer du Cap original. En 1973, la race est officiellement reconnue, scellant la survie d'un patrimoine qui a failli s'éteindre.