Attestée en 1908, le Bourbonnais n'est pas une race à proprement parler, mais une variété de chevaux de trait, considérée comme une sous race du Percheron, suite à son introduction dans le registre généalogique de ce dernier en 1966.

Cette fusion, qui a également concerné le Trait du Maine, l'Augeron, le Berrichon, le Trait de la Loire, le Trait de Saône et Loire et le Nivernais, a été mise en place lorsque l'effectif du Percheron déclinait de manière inquiétante.

Peu à peu, le Bourbonnais va perdre son identité tout en conservant ses caractéristiques.