Contrairement aux races de sport modernes, le Bourguignon n'a pas fait l'objet d'un élevage mondialisé. Cependant, il a été massivement exporté dans toute l'Europe à travers les guerres napoléoniennes. Il a servi de base génétique pour améliorer de nombreuses populations de chevaux de cavalerie en Europe de l'Est et en Allemagne avant de disparaître par dilution.

Au XIXe siècle, les croisements avec le Pur-Sang (pour l'armée) et avec des chevaux de trait lourds (pour l'agriculture) ont fait disparaître le type original. Son descendant direct le plus célèbre est le Cheval de Trait Auxois, qui est en quelque sorte une version « agrandie » et alourdie du vieux Bourguignon.

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