L'histoire officielle commence le 1er mai 1788, lorsque le roi Frédéric-Guillaume II de Prusse fonde le Haras Royal de Neustadt an der Dosse, dans la province de Brandebourg. Ce lieu, souvent surnommé le « Versailles des chevaux », avait pour mission initiale de produire des chevaux pour la cour royale et pour la cavalerie prussienne.

À l'époque, le roi souhaitait un cheval noble, élégant mais robuste. Les premières sélections s'appuient sur des souches locales croisées avec des étalons orientaux, anglais (Pur-sang) et espagnols.

Au cours du XIXe siècle, les besoins militaires dictent l'évolution de la race. Le Brandebourgeois devient le partenaire privilégié de l'armée prussienne.

L'influence du Pur-sang : Pour gagner en vitesse et en endurance sur les champs de bataille, de nombreux étalons Pur-sang Anglais sont introduits.

La sélection rigoureuse : Sous la direction des Haras Nationaux, une sélection drastique est mise en place pour fixer le type du « demi-sang » brandebourgeois : un cheval polyvalent, capable de porter un cavalier au combat tout en étant suffisamment puissant pour l'attelage léger.

Au début du XXe siècle, comme partout en Europe, la mécanisation commence à menacer les chevaux de selle. La Première Guerre mondiale prélève un lourd tribut sur le cheptel.

Dans l'entre-deux-guerres, la race subit une mutation : on cherche à produire un cheval plus lourd, capable de travailler dans les fermes du Brandebourg tout en restant apte au service militaire. Cependant, la Seconde Guerre mondiale marque une rupture tragique : à la fin du conflit, la région du Brandebourg se retrouve en zone d'occupation soviétique, et le Haras de Neustadt - Dosse manque de disparaître.

Sous le régime de la République Démocratique Allemande (RDA), l'élevage du Brandebourgeois prend une direction très spécifique. La RDA souhaite faire du sport un instrument de prestige national.

La standardisation : Le haras de Neustadt devient une « ferme d'État ». On abandonne définitivement le type agricole pour se concentrer sur le cheval de sport de haute performance (saut d'obstacles et dressage).

Apport génétique : Pour améliorer la qualité, des croisements sont opérés avec le Hanovrien et le Trakehner, deux races allemandes de premier plan. Le Brandebourgeois gagne alors en souplesse et en équilibre.

La chute du mur de Berlin en 1989 ouvre une nouvelle ère de gloire pour la race. Intégré au système de sélection de l'Allemagne réunifiée, le Brandebourgeois prouve rapidement sa valeur.

Le phénomène Poetin : L'histoire moderne de la race est marquée par la jument Poetin, championne du monde de dressage en 2003. Vendue pour la somme record de 2,5 millions d'euros, elle a placé le Brandebourgeois sous les projecteurs du monde entier.

La fusion du DSP (2003) : Afin de peser davantage sur le marché mondial, le stud-book brandebourgeois a fusionné en 2003 avec ceux de Saxe, de Saxe-Anhalt et de Thuringe pour former le Deutsches Sportpferd (DSP), le Cheval de Sport Allemand.