Vers le milieu du XIXe siècle, la région de l'Emmental, et plus particulièrement les environs de la ville de Burgdorf (Berthoud) dans le canton de Berne, connaît un essor agricole sans précédent. La production fromagère et la culture céréalière s'intensifient, nécessitant des chevaux plus puissants que le Franches-Montagnes (Freiberger) de l'époque, qui était alors un cheval de selle et de trait léger.

Les agriculteurs bernois cherchaient un cheval de « trait moyen-lourd » : une bête capable de tirer des charrues dans les terres lourdes et de transporter d'imposantes charges de bois ou de meules de fromage, tout en conservant une certaine agilité.

La base : Des juments locales de race Franches-Montagnes, appréciées pour leur caractère docile et leur rusticité.

L'apport de masse : Des étalons de race Ardennaise (venus de Belgique et de France).

Le résultat de ce métissage fut le Burgdorfer : un cheval plus massif et plus musclé que le Franches-Montagnes, mais moins lent et moins lourd que l'Ardennais pur. Cette nouvelle race s'impose rapidement comme le moteur économique de la région bernoise.

Au début du XXe siècle, la race est à son zénith. Le Burgdorfer devient une référence de puissance.

Reconnaissance officielle : Un registre généalogique (Stud-book) spécifique est créé à Burgdorf.

Le service de la Patrie : L'armée suisse s'intéresse de près à ce cheval. Le Burgdorfer devient la monture de prédilection de l'artillerie lourde. Sa capacité à déplacer des canons sur les routes de montagne tout en gardant un calme olympien sous le feu en fait un atout stratégique majeur durant la Première et la Seconde Guerre mondiale.

Le sort du Burgdorfer bascule après 1945. La mécanisation rapide des campagnes suisses rend le cheval de trait lourd obsolète.

Les agriculteurs se tournent vers le tracteur pour les travaux des champs.

L'armée suisse réduit ses effectifs de chevaux de trait au profit des véhicules motorisés.

Face à cette chute de la demande, la race se retrouve dans une impasse. Contrairement au Franches-Montagnes qui parvient à se reconvertir en cheval de loisir et de sport grâce à son élégance, le Burgdorfer est jugé « trop lourd » pour l'équitation moderne.

Dans les années 1960, les effectifs s'effondrent. Les autorités helvétiques et les éleveurs prennent une décision radicale pour sauver ce qui peut l'être : la race Burgdorfer est officiellement fusionnée (ou absorbée) avec le Franches-Montagnes.

Les derniers étalons Burgdorfer ont été utilisés pour apporter de la masse à certaines lignées de Franches-Montagnes, avant que la sélection ne s'oriente définitivement vers un modèle plus léger. Aujourd'hui, le Burgdorfer en tant que race pure est considéré comme éteint.