L’origine de ces chevaux remonte aux grandes migrations des peuples turco-mongols et scythes. Historiquement, le Bouzkashi était un exercice d’entraînement pour les cavaliers de la steppe. Il s’agissait de simuler des raids pour récupérer du bétail ou des prisonniers.

Au Moyen Âge, sous l’influence des conquêtes d'Alexandre le Grand puis de Gengis Khan, les chevaux d’Afghanistan ont été croisés avec les robustes montures de Mongolie et les élégants chevaux de Perse. De cette fusion est né un animal capable de supporter le chaos des mêlées et la brutalité des charges, caractéristiques qui allaient devenir les fondements du cheval de Bouzkashi.

Le Turkmen (et l'Akhal-Teke) : Pour la vitesse et l'intelligence.

Le Karabair (Ouzbékistan - Afghanistan du Nord) : Pour la solidité et la capacité à pivoter sur place.

Le Qatghani : Une race locale afghane, célèbre pour sa force de traction et sa résistance au froid des montagnes du Nord.

Au fil des siècles, les chefs de tribus (les Khans) ont sélectionné les individus les plus courageux de ces lignées pour créer le « cheval de Bouzkashi » idéal : un animal capable de réfléchir par lui-même au milieu d’une centaine de cavaliers en furie.

À partir du XVIIIe siècle, sous le règne d'Ahmad Shah Durrani (le fondateur de l'Afghanistan moderne), le Bouzkashi et ses chevaux deviennent des instruments de prestige politique. Posséder une écurie de chevaux de Bouzkashi performants était le signe ultime de richesse et de puissance pour un seigneur local.

L'histoire de ces chevaux est alors marquée par un élevage sélectif et secret. Les techniques d'entraînement, transmises par les Sais (palefreniers spécialisés), faisaient de ces chevaux des membres à part entière de la famille des aristocrates afghans.

On les nourrissait d'œufs, de beurre et de pain de maïs pour leur donner l'énergie nécessaire aux tournois qui pouvaient durer plusieurs jours.

Le XXe siècle a été une épreuve pour le patrimoine équestre afghan. Pendant l'invasion soviétique (1979-1989) et les guerres civiles qui ont suivi, les effectifs ont été décimés. Les chevaux étaient des cibles ou mouraient de faim.

Cependant, les éleveurs du Nord (régions de Mazar-e-Sharif et de Kunduz) ont réussi à cacher et à protéger leurs meilleures lignées. Lors de l'interdiction du Bouzkashi sous le premier régime des Talibans (1996-2001), l'élevage a failli disparaître officiellement, mais il a survécu clandestinement dans les provinces rurales, les Afghans refusant de se séparer de ce qu'ils considèrent comme « l'âme de leur peuple ».

Depuis 2002, le cheval de Bouzkashi a retrouvé sa place de roi. Les tournois attirent des foules immenses et les chevaux de renom s'échangent pour des sommes pouvant atteindre des dizaines de milliers de dollars.

L'histoire contemporaine de la race voit l'introduction de sang de Pur-Sang Anglais pour augmenter la taille et la vitesse, tout en essayant de préserver le calme olympien indispensable pour ne pas paniquer dans la mêlée.