L'histoire commence en 1665, lorsque le roi de France Louis XIV décide d'envoyer les premiers chevaux en Nouvelle-France (actuel Québec) pour soutenir les colons. Entre 1665 et 1671, environ 82 chevaux issus des écuries royales sont débarqués à Québec.

Bien que les registres précis aient disparu, les historiens s'accordent sur le fait que ces chevaux étaient un mélange de souches bretonnes, normandes, andalouses et barbes. Ces animaux étaient les meilleurs de leur époque, sélectionnés pour leur élégance, leur endurance et leur polyvalence.

Pendant près de 150 ans, ces chevaux se sont reproduits en vase clos, isolés des autres influences génétiques par la géographie et les tensions politiques avec les colonies anglaises.

Hivers rigoureux : Seuls les individus capables de survivre à des froids extrêmes et à des rations alimentaires limitées ont subsisté.

Travail acharné : Ils étaient utilisés pour tout : défricher les terres, transporter les familles à l'église (souvent au grand galop dans la neige) et effectuer de longs voyages sur des routes inexistantes.

C’est durant cette période que la race a acquis ses traits distinctifs : une santé de fer, une grande force par rapport à sa taille, et un tempérament volontaire. On disait alors qu'un Cheval Canadien pouvait travailler toute la journée et n'avoir besoin que d'un peu de foin et d'un abri sommaire pour récupérer.

Au début du XIXe siècle, la population de chevaux canadiens atteignait environ 150 000 individus. Sa réputation franchit les frontières, et il devint un objet d'exportation massif vers les États-Unis.

La Guerre de Sécession : Des milliers de chevaux canadiens furent exportés pour servir dans la cavalerie et l'artillerie américaine. La plupart ne revinrent jamais.

Les Croisements : Pour obtenir des chevaux plus spécialisés (plus grands pour le trait ou plus rapides pour les courses), les agriculteurs commencèrent à croiser le Canadien avec des races importées (Percherons, Standardbreds), diluant ainsi le patrimoine génétique originel.

À la fin des années 1800, la race pure était au bord de l'extinction totale.

1886 : Sous l'impulsion du Dr J.A. Couture, un registre généalogique (Stud-book) est ouvert pour recenser les derniers sujets de race pure.

1895 : Fondation de l'Association des Éleveurs de Chevaux Canadiens.

1913 - 1981 : Le gouvernement fédéral canadien et le gouvernement du Québec gèrent des centres d'élevage (notamment à Cap-Rouge et Saint-Joachim) pour stabiliser et multiplier la race. Sans cette intervention étatique, le cheval canadien aurait probablement disparu.

Le cheval canadien a finalement retrouvé ses lettres de noblesse à la fin du XXe siècle. En 1999, le gouvernement du Québec le déclare « patrimoine de l'État ». En 2002, le Parlement du Canada adopte une loi faisant du Cheval Canadien le « cheval national du Canada ».

Aujourd'hui, bien que ses effectifs restent modestes (environ 6 000 individus dans le monde), la race est protégée par des éleveurs passionnés qui veillent à conserver ce « sang bleu » venu de France, adapté à la rudesse du sol canadien.