Le Cayuse, qui a une histoire qui est peu connue, descendrait de chevaux Franco-Normand, dont la majorité était liée au Percheron, qui ont été amenés sur le territoire des États Unis au début du XVIème siècle.

Après avoir été confié aux Indiens Pawnee, il a été croisé avec le Barbe Espagnol, afin de développer sa vitesse et son endurance.

Le Cayuse, qui était devenu une race distincte au début du XVIIIème siècle, a continué son évolution à partir de ses origines berbères, françaises et espagnoles.

L'Appaloosa et le Paint Horse ont été influencés par un apport de sang de la race.

Malgré les mesures prises, le Cayuse, principalement élevé dans l'Californie, est devenu rare, avec un effectif inférieur à une centaine de chevaux.

Afin de faire découvrir le Cayuse, le « Centre de Recherche sur les Chevaux Sauvages », officiellement nommée Wild Horse Research Center, à fait don d'un individu au Parc Équestre du Kentucky, situé non loin de Lexington.

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