Le socle génétique du Chaidamu remonte aux anciennes hardes de chevaux mongols qui ont migré vers le sud, sur le plateau tibétain, il y a plusieurs millénaires. Cependant, une fois installés dans le bassin du Qaidam (à plus de 2 700 mètres d'altitude), ces chevaux se sont retrouvés isolés par les chaînes de montagnes du Kunlun et du Qilian.

Contrairement aux chevaux mongols restés dans les steppes verdoyantes, les ancêtres du Chaidamu ont dû s'adapter à un régime composé de plantes halophytes (résistant au sel) et à une raréfaction de l'oxygène. Cette isolation géographique a lentement transformé la morphologie mongole originelle pour créer une souche plus trapue, plus résistante et capable de parcourir des déserts de sel là où d'autres équidés périssaient.

Historiquement, le bassin du Qaidam était une étape cruciale sur les routes commerciales reliant la Chine centrale au Tibet et à l'Asie centrale. L'histoire du Chaidamu est intimement liée au commerce du sel, ressource abondante dans les lacs salés du bassin.

Pendant des siècles, ce cheval a été le moteur des caravanes. Sa capacité unique à marcher sur les croûtes de sel instables et à supporter des eaux saumâtres a fait de lui le compagnon indispensable des marchands et des nomades locaux. Contrairement au cheval tibétain classique, le Chaidamu a développé un sabot plus large et une endurance spécifique aux terrains plats mais désertiques.

Au XVIIe siècle, des tribus mongoles (notamment les Oïrats) se sont installées massivement dans la région du Qaidam. Ils ont apporté avec eux leur savoir-faire en matière d'élevage, mais ont rapidement constaté que seul le cheval local pouvait prospérer dans ce milieu alcalin.

Le cheval Chaidamu est alors devenu un symbole de statut et de survie pour ces populations. Il a été utilisé pour la guerre, la chasse à l'âne sauvage (le Kiang) et les déplacements rapides entre les oasis. La race s'est fixée durant cette période, devenant plus robuste que le cheval mongol de plaine, avec une cage thoracique particulièrement développée pour compenser l'altitude.

Jusqu'au milieu du XXe siècle, le Chaidamu restait une race « de terroir », peu connue hors de la province du Qinghai. Après la fondation de la République populaire de Chine en 1949, les autorités ont entrepris un inventaire des ressources zootechniques du pays.

Dans les années 1950 et 1980, des études scientifiques ont été menées pour caractériser officiellement la race. Le Chaidamu a été classé parmi les « races de plateau de Chine ».

Durant cette période, il a joué un rôle vital dans le développement industriel et minier du bassin du Qaidam, transportant matériel et ravitaillement dans des zones totalement inaccessibles aux premiers véhicules motorisés.

Avec la construction de routes asphaltées et la mécanisation rapide de l'industrie minière du sel, le rôle utilitaire du Chaidamu a décliné à la fin du XXe siècle. Sa population a connu une baisse importante, menaçant la pureté de la lignée.

Aujourd'hui, l'histoire du Chaidamu entre dans une phase de conservation. Il est reconnu comme un patrimoine génétique unique, capable de fournir des clés sur l'adaptation des mammifères aux environnements extrêmes (salinité et altitude). Des programmes locaux visent à maintenir la race pour les festivals culturels mongols et pour le tourisme écologique dans les déserts du Qinghai.