Tout commence en 1493, lors du deuxième voyage de Christophe Colomb. Il introduit les premiers chevaux ibériques dans les îles des Caraïbes (Hispaniola). Ces chevaux étaient un mélange de trois souches principales :

Le Barbe : Apportant l'endurance et la résistance à la chaleur.

Le Sorraia et l'Andalou ancien : Apportant l'agilité et la structure osseuse.

Le Genêt d'Espagne : Apportant des allures confortables.

Au début du XVIe siècle, les expéditions de Hernán Cortés au Mexique (1519) et de De Soto ou Coronado dans le sud des États-Unis actuels marquent l'entrée du cheval sur le continent.

Pendant plus d'un siècle, l'élevage équin est resté sous contrôle strict des colons espagnols dans les missions et les haciendas du Nouveau-Mexique et du Texas. Cependant, en 1680, la Révolte des Pueblos contre l'occupation espagnole change la donne.

En chassant les Espagnols, les Amérindiens capturent des milliers de chevaux. C'est à partir de cet événement que le cheval se diffuse massivement vers le Nord. Les tribus des Plaines (Comanches, Cheyennes, Sioux) et du Nord-Ouest (Nez-Percés) développent alors leurs propres cultures équestres, sélectionnant ces chevaux espagnols pour leur robustesse et leur vitesse.

Dans le Sud-Est : Les chevaux des tribus Cherokee, Choctaw et Chickasaw, ainsi que les « Marsh Tackies » des marécages.

Dans le Sud-Ouest : Les chevaux des missions californiennes et les lignées de ranchs isolés au Texas.

Dans les Plaines : Les ancêtres des Mustangs, qui vivaient en liberté totale.

Durant cette période, le cheval espagnol est le pilier de l'économie américaine : il sert à la conquête de l'Ouest, au travail du bétail et aux guerres indiennes.

À la fin du XIXe siècle, l'arrivée des colons anglo-saxons entraîne l'introduction de races européennes plus grandes (Pur-Sang, chevaux de trait, Quarter Horses primitifs). Le petit cheval espagnol est alors jugé trop chétif et « sauvage ».

Une politique systématique de croisement et d'éradication commence. L'armée américaine, durant les guerres indiennes, abat souvent les troupeaux de chevaux espagnols pour affaiblir les tribus. Dans les années 1920, on estime que la pureté du sang espagnol colonial a presque disparu des populations de Mustangs, diluée par des chevaux de ferme échappés.

La survie de la race est due à une poignée de visionnaires, dont Robert Brislawn, qui fonde le Spanish Mustang Registry en 1957. Il parcourt l'Ouest pour identifier les individus présentant les caractéristiques morphologiques et génétiques ibériques pures.

La lignée Wilbur-Cruce : Préservée dans un ranch en Arizona pendant 100 ans.

La lignée Choctaw : Conservée par des familles amérindiennes en Oklahoma.

Aujourd'hui, le Cheval Colonial Espagnol est reconnu comme une « race héritage » prioritaire par le Livestock Conservancy. Les analyses ADN modernes confirment que ces chevaux sont des capsules temporelles biologiques, portant en eux le code génétique des chevaux de l'Âge d'Or de l'Espagne, aujourd'hui en partie disparu dans la péninsule ibérique elle-même.