Bien avant l'apparition du cheval de course moderne, l'Indonésie possédait une mosaïque de races de poneys locales (Sumbawa, Java, Batak, Sandelwood, etc.). Ces chevaux, descendants des chevaux mongols et arabes introduits par les marchands, étaient essentiels pour le transport et les traditions guerrières.

Les courses de chevaux existaient déjà sous forme traditionnelle, notamment à Sumatra et dans les îles de la Sonde, mais elles opposaient de petits chevaux robustes sur des terrains naturels. Le Sandelwood Pony (originaire de l'île de Sumba) était déjà remarqué pour sa vivacité et son élégance, posant les premières pierres de ce qui allait devenir la sélection pour la vitesse.

Durant l'occupation néerlandaise, l'intérêt pour les courses de chevaux de style européen grandit. Les colons importent des étalons d'Europe et d'Australie.

Le véritable tournant survient lorsque les éleveurs indonésiens commencent à croiser systématiquement les juments locales (plus petites mais extrêmement résistantes au climat tropical) avec des étalons Pur-Sang Anglais (Thoroughbred). L'objectif était clair : augmenter la taille et la foulée des chevaux locaux tout en conservant leur capacité à supporter la chaleur et l'humidité extrêmes de l'archipel.

Après l'indépendance de l'Indonésie, l'organisation des courses de chevaux se structure. En 1966, la création de la PORDASI (Persatuan Olahraga Berkuda Seluruh Indonesia - Association des sports équestres de toute l'Indonésie) marque la naissance officielle de l'industrie moderne du cheval de course.

C'est sous l'égide de la PORDASI que le « Kuda Pacu Indonesia » (KPI) est défini comme une race en soi. Un programme d'élevage rigoureux est mis en place, classant les chevaux par catégories de taille et de pourcentage de sang Pur-Sang (G1, G2, G3, jusqu'au Pur-Sang né localement).

Le croisement « idéal » recherché était celui qui permettait de briller sur les pistes de Java et de Sumatra, les deux centres névralgiques des courses.

À partir des années 1990, l'Indonésie a investi massivement dans l'amélioration génétique. Des étalons de prestige ont été importés d'Australie, des États-Unis et du Japon. L'industrie s'est professionnalisée avec la construction d'hippodromes modernes (comme celui de Pulomas à Jakarta).

Le cheval de course indonésien n'est plus seulement un « poney amélioré », mais un athlète de haut niveau. La race a su s'imposer lors des Jeux d'Asie du Sud-Est (SEA Games), prouvant que la sélection opérée depuis des décennies portait ses fruits sur la scène internationale.