Le projet naît de l'ambition de deux frères, Heinz Heck (directeur du zoo de Munich) et Lutz Heck (directeur du zoo de Berlin). Leur objectif était de « recréer » le Tarpan (Equus ferus ferus), le cheval sauvage européen éteint à la fin du XIXe siècle.

Les frères Heck partaient du postulat que les gènes du Tarpan n'avaient pas disparu, mais étaient « dilués » dans les races de chevaux domestiques rustiques. En croisant ces races et en sélectionnant les produits présentant les traits physiques du cheval primitif, ils pensaient pouvoir faire renaître l'ancêtre sauvage.

La lignée de Munich : Heinz Heck utilise principalement des Koniks polonais (descendants directs des derniers Tarpans captifs), croisés avec des poneys Islandais, des poneys Gotland et des chevaux de Przewalski.

La lignée de Berlin : Lutz Heck privilégie des croisements incluant davantage de chevaux de selle et de trait rustiques.

Les deux frères cherchaient à fixer des caractères spécifiques : une robe gris souris (grullo), une crinière courte et dressée, une raie de mulet sombre le long du dos et des zébrures sur les membres. Le premier poulain présentant ces caractéristiques naît au zoo de Munich en 1933.

L'histoire du cheval de Heck est indissociable du contexte politique de l'époque. Le projet bénéficie du soutien du régime nazi, notamment de Hermann Göring. La quête de la « pureté originelle » et le désir de restaurer une nature germanique mythique et sauvage s'inscrivaient parfaitement dans l'idéologie du sang et du sol (Blut und Boden).

Les chevaux de Heck, ainsi que les « Aurochs de Heck » (reconstitués selon le même principe), devaient être réintroduits dans de vastes réserves forestières, comme la forêt de Bialowieza, pour servir de gibier de prestige et symboliser la puissance de la nature retrouvée.

La Seconde Guerre mondiale fut fatale à la lignée de Berlin, totalement détruite lors des bombardements et de la chute de la ville. Seule la lignée de Munich, plus protégée, survécut au conflit.

À partir des années 1950, les survivants furent regroupés et l'élevage reprit. La race s'est ensuite diffusée hors d'Allemagne, notamment aux Pays-Bas. Dans les années 1980, le cheval de Heck a acquis une nouvelle dimension écologique : il a été choisi pour le projet de « ré-ensauvagement » de la réserve d'Oostvaardersplassen, où une population vit en totale autonomie.

Aujourd'hui, l'histoire du cheval de Heck fait l'objet de débats. La science moderne (notamment la génétique) a démontré que le cheval de Heck n'est pas un véritable Tarpan, mais une race domestique créée de toutes pièces dont le phénotype ressemble à l'image que l'on se faisait du cheval sauvage dans les années 1930.