Historiquement, les paysans du Val d'Arly et de la région de Megève utilisaient de petits chevaux de montagne, robustes et polyvalents, pour les travaux agricoles et le transport du bois. Ces animaux devaient être capables de survivre à des hivers rigoureux et de travailler sur des pentes abruptes.

Cependant, avec l'évolution des besoins de traction à la fin du XIXe siècle, les éleveurs locaux se tournent vers une race voisine : le Comtois. Le cheval de Megève va alors puiser ses racines génétiques dans cette race venue du Jura, tout en développant une identité propre dictée par le terroir savoyard.

Le destin du cheval de Megève bascule avec la naissance de la station de ski. Sous l'impulsion de la famille Rothschild dans les années 1920, Megève devient une destination de renommée mondiale.

Alors que la mécanisation commence à remplacer le cheval dans les champs, Megève lui offre un nouveau rôle : le transport de passagers. Le cheval devient indissociable du paysage de la station.

Les traîneaux (luges) et les calèches deviennent le seul moyen de transport élégant et pratique dans les rues enneigées et piétonnes du village. C’est à cette époque que la sélection esthétique commence : on recherche des chevaux puissants, mais surtout harmonieux et dotés d'un tempérament exemplaire pour côtoyer la foule.

Comme pour toutes les races de trait, les années d'après-guerre sont critiques. La démocratisation de la voiture et des engins de déneigement menace l'utilité du cheval, même à Megève. L'élevage décline et le nombre de meneurs de calèches diminue. Le cheval de Megève risque alors de se fondre totalement dans la masse des chevaux de trait destinés à la boucherie, perdant sa spécificité locale.

Pour sauver ce patrimoine, les éleveurs et les utilisateurs locaux décident de s'organiser. En 1997, l'Association du Cheval de Megève est créée.

Maintenir une sélection esthétique précise : Le « type » Megève est fixé sur la base du Comtois, mais avec une préférence marquée pour la robe alezan crins lavés (robe rousse et crinière blonde), une morphologie élégante et une taille moyenne facilitant le contact avec les touristes.

Préserver un savoir-faire : L'histoire de la race est liée à celle des « cochers de Megève », une corporation qui maintient la tradition du transport hippomobile depuis plus d'un siècle.

En 2018, la marque « Cheval de Megève » a été officiellement déposée, marquant une reconnaissance historique et culturelle. Bien que les chevaux soient inscrits au stud-book du Trait Comtois, ils sont identifiés et sélectionnés localement pour perpétuer l'histoire de ce « géant aux crins d'or ».