Considéré comme un cheval « haut de gamme » développé par un peuple tibétain au prix d'un élevage sélection durant plusieurs siècles, le Cheval de Nanchen, qui est probablement issu du poney Mongol, n'est pas une race à proprement parler, mais un des « types » du Yushu, qui lui même est une variété du Tibétain.

Découvert par Michel Peissel en 1993 lors d'une expédition qui a pour objectif d'étudier les races du Tibet encore inconnue. C'est dans le nord du pays, à plus de 4 000 mètres d'altitude dans le Xian de Nangqên, ou Nangchen, au sud du Qinghai, qu'il va découvrir le Cheval de Nangchen. Son étude lui laissera penser qu'il est élevé depuis au moins le IXème siècle par les nomades tibétains, sans avoir subit de croisements avec d'autres races. Pour Michel Peissel ce petit cheval n'aurait aucun ancêtre commun avec les autres races élevées dans le pays, que cela soit le Mongol, l'Arabe ou le Turkmène.

N'étant pas reconnu officiellement, ni étudié, aucun recensement quant à ses effectif n'a été effectué. Son niveau de menace est donc inconnu.