L'histoire du cheval de Nangchen est intimement liée à celle des populations nomades tibétaines. On estime que la race est élevée de manière sélective depuis au moins le IXe siècle. Contrairement à de nombreuses autres races asiatiques qui ont subi des influences mongoles ou perses massives, le Nangchen est resté protégé par les barrières naturelles de l'Himalaya.

Située à une altitude moyenne dépassant les 4 000 mètres, la région de Nangchen a imposé une sélection naturelle impitoyable. Seuls les chevaux capables de survivre avec des niveaux d'oxygène réduits et une végétation rare ont pu se reproduire, fixant ainsi les caractéristiques d'une race d'une pureté exceptionnelle.

Pendant des siècles, l'existence de cette race spécifique est restée inconnue en dehors du Tibet. Ce n'est qu'en 1994 que l'explorateur et anthropologue français Michel Peissel, lors d'une expédition visant à trouver la source du Mékong, a officiellement documenté la race pour le monde moderne.

Peissel fut frappé par l'apparence de ces chevaux : contrairement aux poneys tibétains habituels, trapus et rustiques, les chevaux de Nangchen présentaient des caractéristiques de chevaux de selle raffinés, rappelant presque le Pur-sang Arabe, mais dans un format réduit et adapté à la haute altitude.

Historiquement, le cheval de Nangchen n'était pas un simple animal de bât. Il était le partenaire indispensable des cavaliers Khampa, réputés pour être les meilleurs guerriers et cavaliers du Tibet.

Le prestige des monastères : Les monastères bouddhistes de la région ont joué un rôle crucial dans la préservation de la race. Les moines et les chefs locaux pratiquaient une sélection rigoureuse pour maintenir la vitesse et l'agilité des chevaux, essentielles pour les communications entre les vallées isolées.

La guerre et le commerce : Sa capacité à galoper sur des terrains escarpés là où l'air est rare en a fait une monture stratégique durant les conflits frontaliers historiques et pour la surveillance des troupeaux de yaks.

Au cours du XXe siècle, notamment pendant les périodes de bouleversements politiques en Chine, l'élevage traditionnel a été perturbé. Cependant, le caractère sacré et utilitaire du cheval pour les nomades tibétains a permis de sauvegarder des noyaux d'élevage purs.

Aujourd'hui, l'histoire du Nangchen entre dans une phase de reconnaissance scientifique. Des études génétiques ont été entreprises pour comprendre comment cette race a développé des capacités physiologiques uniques (comme une capacité pulmonaire accrue), faisant d'elle un sujet d'étude fascinant pour l'évolution des espèces en milieu extrême.