L'épopée commence en 1652, lorsque Jan van Riebeeck, représentant la Compagnie néerlandaise des Indes orientales (VOC), arrive au Cap. Il importe les premiers chevaux de Java. Ces animaux étaient eux-mêmes issus de croisements entre des poneys indonésiens et du sang arabe et persan.

Pendant près d'un siècle, le cheptel reste limité et protégé. En 1689, l'introduction de chevaux de race Persane vient renforcer la base génétique. Le mélange de ces influences orientales dans le climat rude du Cap a jeté les bases d'un cheval petit, mais d'une constitution exceptionnellement robuste et capable de survivre avec un minimum de fourrage.

Au XVIIIe siècle, l'élevage se développe massivement dans l'arrière-pays (le Karoo). Le Cheval du Cap commence à attirer l'attention internationale. En 1769, les premières exportations vers l'Inde débutent. L'armée britannique en Inde découvre un cheval capable de supporter des chaleurs extrêmes et des marches forcées que les chevaux européens ne pouvaient endurer.

Durant cette période, du sang Pur-sang anglais est introduit pour augmenter la taille et la vitesse des animaux. Le Cheval du Cap devient alors un modèle d'élégance et de force, utilisé aussi bien pour le travail de ferme que pour la chasse et la guerre.

L'histoire de la race est marquée par des tragédies biologiques. L'épidémie de peste équine africaine (African Horse Sickness) de 1854-1855 décime des dizaines de milliers de chevaux. Cette sélection naturelle brutale n'a laissé survivre que les individus les plus résistants.

Parallèlement, l'importation massive de chevaux de type Hackney et de chevaux de trait a commencé à diluer le type originel du Cheval du Cap. La recherche de chevaux plus grands et plus lourds pour l'attelage a failli faire disparaître la silhouette fine et nerveuse qui faisait la renommée de la race.

La Guerre des Boers (1899-1902) marque la fin du Cheval du Cap en tant que race distincte et son évolution vers de nouvelles lignées. Les commandos boers utilisaient ces chevaux pour leur mobilité exceptionnelle. Les Britanniques, impressionnés par leur résistance, ont importé des milliers de chevaux du monde entier pour les contrer, provoquant un brassage génétique irréversible.

Le Boerperd : La version noble et structurée, héritière directe du Cheval du Cap amélioré.

Le Poney Basuto : Descendant des Chevaux du Cap emmenés dans les montagnes du Lesotho, où ils ont rapetissé pour devenir les montures de montagne les plus sûres au monde.

Bien que le « Cheval du Cap » originel ne dispose plus d'un stud-book séparé sous ce nom, son sang coule dans les veines de presque tous les chevaux d'Afrique du Sud. Il est reconnu par les historiens comme l'animal qui a permis l'expansion géographique et économique de la colonie du Cap vers l'intérieur du continent.