Des documents historiques indiquent qu'il y a 300 à 400 ans, les Tatars ont amené les ancêtres des chevaux locaux au nord du Delta du Danube. Les chevaux laissés derrière étaient libres de se promener dans la région.

Alors que le régime communiste s'effondrait en Roumanie au cours de l'année c'était 1989, les autorités décidèrent de la fermeture des coopératives agricoles, sans prévoir de prendre en charge les nombreux animaux laissées pour compte dans les fermes, aussi elles ont décidé de les libérer, du moins ce fut le cas pour les chevaux. Beaucoup d'autres ont été laissés par leurs propriétaires pour paître illégalement dans la forêt voisine. En parallèle, la généralisation de la motorisation ayant supprimé le besoin d'animaux de traction, de nombreux autres chevaux sont redevenus totalement sauvages dans les années 1990.

Cette combinaison de circonstances a conduit à une croissance remarquable de cette population de races mélangées. Alors que la population augmentait de plus en plus, les chevaux devaient chercher de nouvelles sources de nourriture et pénétrèrent dans la forêt strictement protégée, grignotant l'écorce des arbres et se nourrissant d'espèces végétales rares. Les autorités et les environnementalistes ont alors décidé d'agir et sont parvenus à une « solution » facile mais insensible... Tuer les chevaux.

En effet, afin de palier au problème de surpopulation, une partie de ces chevaux seront capturés et envoyés en Italie en 2002 pour y être abattus pour leur viande, en toute opposition avec certains organismes trouvant ce procédé barbare et inapproprié.

En 2009, une deuxième opération de déplacement et d'abattage sera entreprise, mais n'aboutira pas, car le Cheval du Delta du Danube ne pouvait être évacués de la zone en raison d'une épidémie d'anémie infectieuse équine. En effet, cette maladie est hautement contagieuse, ce qui interdit, toute sortie de ces chevaux en dehors de leur zone de quarantaine.

S'agissant plus d'une population sauvage, qu'une race à proprement dit, le Cheval du Delta du Danube est de nos jours l'objet de débats houleux qui ont fait suite aux abattages massifs, mais certains considèrent, peut être à raison, que l'équilibre de leur espace naturel de vie est menacé parce qu'il consomme l'écorce des arbres pendant les hivers rigoureux.

Se basant sur les études qui ont été effectuées, le Cheval du Delta du Danube serait lié d'une façon ou d'une autre au Huçul et il aurait sans doute une influence sur les chevaux des steppes d'Asie centrale. Une chose est certaine, ils sont issus de chevaux abandonnés à la fin de l'ère Ceaucescu.

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