Bien que le cheval ait évolué à l'origine sur le continent américain, il y avait disparu depuis des millénaires. Son retour se fait par les conquêtes espagnoles au XVIe siècle. Les ancêtres du Cheval Indien Américain sont les chevaux de type Barbe, Arabe et Andalous apportés par les conquistadors.

L'histoire « indienne » du cheval commence réellement avec la Révolte des Pueblos en 1680. En chassant les Espagnols du Nouveau-Mexique, les tribus amérindiennes ont pris possession de milliers de chevaux. À partir de ce foyer, le cheval s'est diffusé vers le nord à travers les réseaux commerciaux tribaux, atteignant les Plaines bien avant les premiers explorateurs blancs.

Pour les tribus des Plaines (Comanches, Lakotas, Nez-Percés, Cheyennes), le cheval fut une révolution. En moins d'un siècle, ces peuples sont passés d'une existence pédestre à une culture équestre nomade d'une efficacité redoutable.

Une sélection rigoureuse : Contrairement à une idée reçue, les Amérindiens ne se contentaient pas de capturer des mustangs sauvages. Ils sont devenus des éleveurs d'élite. Les Nez-Percés, par exemple, ont créé l'Appaloosa par une sélection génétique stricte.

Le cheval de guerre et de chasse : Ils ont développé un cheval petit, extrêmement agile, capable de galoper au cœur des troupeaux de bisons et de manoeuvrer avec une précision chirurgicale lors des combats. Le cheval était alors appelé « Holy Dog » (Chien Sacré) ou « God Dog ».

L'histoire du Cheval Indien Américain est inséparable de celle de la colonisation de l'Ouest. Le gouvernement américain a compris que pour soumettre les tribus, il fallait détruire leur ressource vitale : le bison et le cheval.

Les massacres systématiques : Lors des guerres indiennes, l'armée américaine a procédé à des massacres à grande échelle. Le plus célèbre est celui de 1874 à Palo Duro Canyon, où le colonel Mackenzie fit abattre plus de 1 000 chevaux capturés aux Comanches pour s'assurer que la tribu ne pourrait plus jamais combattre.

La dilution génétique : Les chevaux survivants furent souvent confisqués, vendus ou croisés avec des chevaux de trait lourds et des chevaux de selle européens (« Remount horses ») pour effacer leur type originel jugé « trop sauvage ».

Au milieu du XXe siècle, le Cheval Indien Américain d'origine pure avait presque disparu, subsistant seulement dans quelques hardes isolées ou au sein de familles amérindiennes ayant caché leurs lignées.

En 1961, Vernard E. Hackworth a fondé l'American Indian Horse Registry (AIHR). L'objectif n'était pas seulement de préserver un phénotype, mais de collecter les chevaux dont l'ascendance remonte directement aux troupeaux des tribus amérindiennes. Le registre reconnaît cinq classes de chevaux, allant du pur descendant de chevaux tribaux (Class O) aux types croisés (Class AA).

Aujourd'hui, l'histoire du Cheval Indien Américain se poursuit comme un acte de réappropriation culturelle. Pour de nombreuses nations amérindiennes, restaurer ces lignées équines est une manière de soigner les blessures du passé et de renouer avec une identité forte.