Le cheval n'existait pas sur l'île avant l'arrivée des Européens. Les premiers équidés sont débarqués par Christophe Colomb lors de son deuxième voyage en 1493. Ces chevaux provenaient principalement d'Andalousie et étaient un mélange de lignées Barbes, Genêts d'Espagne et Arabes.

Hispaniola devint alors le premier centre d'élevage équin du Nouveau Monde, servant de réserve pour les expéditions futures vers le Mexique et l'Amérique du Sud. Les chevaux qui restèrent sur l'île commencèrent un long processus d'acclimatation au milieu tropical.

À mesure que la colonie de Saint-Domingue (future Haïti) se développait sous domination française, une distinction s'opéra. Si les colons importaient des chevaux plus grands pour le prestige, une population de chevaux retournés à l'état semi-sauvage ou élevés de manière extensive dans les montagnes commença à se fixer.

Sous l'effet de la sélection naturelle, ces chevaux ont rapetissé pour devenir des « poneys » robustes. Ce processus de créolisation a favorisé les individus capables de survivre avec peu d'eau, de grimper des sentiers escarpés et de résister aux maladies tropicales.

Ils devinrent l'outil indispensable des petits planteurs et des « marrons » (esclaves fugitifs) se réfugiant dans les mornes.

Le cheval indigène a joué un rôle tactique déterminant lors de la guerre d'indépendance. Les chefs révolutionnaires comme Toussaint Louverture, cavalier légendaire, et Jean-Jacques Dessalines utilisaient ces petits chevaux pour leur mobilité exceptionnelle.

Dans les montagnes d'Haïti, ces chevaux étaient bien supérieurs aux montures lourdes des troupes napoléoniennes, incapables de manœuvrer sur des terrains accidentés et succombant rapidement au climat. Le cheval indigène est ainsi devenu un symbole de la résistance et de la victoire des anciens esclaves contre l'oppression coloniale.

Après l'indépendance (1804), Haïti est resté un pays essentiellement rural et montagneux. Le cheval indigène s'est imposé comme le pivot de l'économie paysanne.

Utilisé pour le transport du café, du cacao et des vivres depuis les sommets jusqu'aux marchés côtiers, il a développé des sabots d'une dureté exceptionnelle et un pied sûr qui lui vaut le surnom de « cheval de montagne ». Contrairement aux chevaux de la République Dominicaine voisine (qui ont évolué vers le Paso Fino de prestige), le cheval haïtien est resté un animal de travail pur, sélectionné pour sa fonctionnalité.

Au XXe siècle, et particulièrement ces dernières décennies, la race a subi un déclin alarmant. Les crises économiques successives, la déforestation massive (réduisant les pâturages) et l'absence de programme national de préservation ont fragilisé le cheptel.

De plus, des croisements non contrôlés avec des ânes (pour produire des mulets, plus prisés pour le bât) ou avec des chevaux de sport importés ont dilué le patrimoine génétique originel. Aujourd'hui, des voix s'élèvent pour classer ce cheval comme un patrimoine culturel et biologique national à protéger.