L'introduction du cheval en Ouganda s'est faite par vagues successives en provenance du Nord et du Nord-Est. Les premières populations équines descendraient de chevaux de type Abyssinien (Éthiopie) et Dongola (Soudan).

Ces chevaux ont été introduits par les routes commerciales et les migrations de peuples pasteurs dans les régions du Nord, notamment au Karamoja. Dans ces savanes semi-arides, plus propices aux équidés que les forêts humides du Sud, un type de poney robuste s'est établi. Ces animaux étaient utilisés pour le transport et comme symboles de richesse chez les chefs locaux.

Importations Diversifiées : Les Britanniques introduisent des Pur-sang anglais, des Arabes et des poneys de polo pour leurs loisirs et pour les besoins de l'administration coloniale (police montée).

La Barrière de la Peste Équine : L'Ouganda a longtemps été un défi pour les éleveurs. La peste équine africaine et la trypanosomiase (maladie du sommeil) décimaient régulièrement les chevaux importés.

L'Émergence du Type Local : Seuls les chevaux possédant une résistance génétique ou issus de croisements avec les souches rustiques du Nord ont survécu. C'est ainsi que s'est stabilisé un « type ougandais » : plus petit que le cheval de sport européen, mais doté d'une immunité naturelle et d'une endurance supérieure.

L'histoire du cheval en Ouganda a failli s'arrêter brusquement durant les décennies de turbulences politiques. Sous le régime d'Idi Amin Dada et pendant les guerres civiles qui ont suivi, la population équine a été quasiment anéantie :

Les chevaux, symboles de l'élite ou de la présence coloniale, ont été abandonnés, abattus pour leur viande ou ont succombé faute de soins vétérinaires.

Seules quelques rares poches de résistance ont subsisté dans les zones rurales isolées, où des spécimens sont retournés à un état de semi-liberté, renforçant encore leur caractère rustique et « indigène ».

Depuis le retour à la stabilité dans les années 1990, l'Ouganda redécouvre son patrimoine équin.

Le « cheval indigène » moderne est le fruit de cette longue sélection par l'adversité. Il a été rejoint par de nouvelles lignées importées du Kenya et d'Afrique du Sud, mais le stock de base ougandais reste prisé pour sa capacité à naviguer dans les terrains difficiles du Nil et des savanes.

Aujourd'hui, il est au cœur d'un renouveau de l'équitation de loisir et du tourisme écologique, notamment dans les régions de Jinja (sources du Nil) et du Parc National de Lake Mburo.