Avant d'être la race noble que l'on connaît, le socle de ce cheval repose sur les populations équines indigènes de Pologne. Ces chevaux, descendants directs du Konik (petit cheval rustique issu du Tarpan), étaient de petite taille, mais dotés d'une endurance et d'une résistance aux maladies hors du commun.

Ils constituaient la monture de base de la paysannerie et de la petite noblesse polonaise.

Le véritable tournant historique survient au XVIIIe siècle. Contrairement aux nations d'Europe de l'Ouest qui privilégiaient le Pur-sang Anglais, la noblesse polonaise (les familles Lubomirski et Sanguszko, notamment) vouait une passion aux chevaux Arabes.

Ces éleveurs ont commencé à croiser les juments locales avec des étalons Arabes importés directement d'Orient. Ce brassage a apporté au cheval de Petite Pologne sa silhouette distinctive, son port de tête altier et une finesse de tissus qui le différenciait déjà du cheval de Grande Pologne (Wielkopolski), plus lourd et influencé par les lignées allemandes.

Au XIXe siècle, une partie de la Petite Pologne (la Galicie) se trouve sous administration austro-hongroise. Cette période est cruciale car elle introduit de nouvelles lignées de prestige venant des haras impériaux de Radautz et Mezőhegyes.

Gidran : Anglo-Arabe hongrois apportant puissance et tempérament.

Shagya : Arabe de plus grande taille, synonyme d'élégance et de cadre.

Furioso-North Star : Demi-sang apportant de la masse et de l'aptitude au saut.

Dahoman : Lignée arabe réputée pour sa robustesse.

Le XXe siècle met la race à rude épreuve. Le Małopolski devient le cheval de prédilection de la cavalerie polonaise, notamment des célèbres Uhlans. Sa bravoure et sa capacité à survivre avec des rations de famine sur les champs de bataille en font une légende nationale.

Cependant, les deux guerres mondiales déciment les effectifs. Au sortir de 1945, le cheptel est en ruine. C'est grâce à la volonté de l'État polonais et à la récupération de quelques étalons précieux que la race est sauvée. Les haras nationaux, comme celui de Janów Podlaski, jouent alors un rôle de conservatoire génétique.

Ce n'est qu'en 1962 que le stud-book du Małopolski est officiellement clos et stabilisé sous son nom actuel. L'objectif d'élevage évolue alors : de cheval de cavalerie et de trait léger, il devient un cheval de sport polyvalent.

L'apport de sang Pur-sang Anglais est contrôlé pour maintenir les qualités de « sang » sans perdre la rusticité originelle. Aujourd'hui, l'histoire du Małopolski continue à travers ses performances en Concours Complet (CCE), où sa génétique historique lui donne un avantage naturel en endurance et en agilité.