Comme pour la plupart des archipels de Polynésie, le cheval n'existait pas aux Îles Cook avant l'arrivée des Européens. Les premiers spécimens furent introduits dans les années 1840 et 1850, principalement par des missionnaires de la London Missionary Society (LMS) et des colons britanniques.

Les chevaux provenaient majoritairement d'Australie (type Waler) et de Nouvelle-Zélande. À cette époque, ils étaient considérés comme des outils de civilisation, destinés à faciliter le transport des missionnaires à travers les terrains volcaniques de Rarotonga et à aider aux premiers travaux agricoles.

À la fin du XIXe siècle, le cheval devient un pilier de l'économie insulaire. Avec le développement des plantations de cocotiers pour la production de coprah et la culture des agrumes, la demande en chevaux de trait léger et de bât augmente.

Diversification des origines : Durant cette période, des navires marchands apportent sporadiquement des chevaux de diverses provenances, créant un brassage génétique entre des lignées de selle britanniques, des poneys de sport et des chevaux de travail plus lourds.

Expansion géographique : Bien que Rarotonga reste le centre principal, des chevaux sont introduits sur d'autres îles de l'archipel, notamment à Mangaia et Aitutaki, où ils s'adaptent aux sols coralliens et rocheux.

Au fil des décennies, le climat tropical humide, les sols volcaniques accidentés et les ressources alimentaires limitées ont opéré une sélection naturelle drastique. Sans apport régulier de sang extérieur, la population équine des Îles Cook a évolué vers un type morphologique spécifique :

Réduction de la taille : Les chevaux sont devenus plus petits, s'apparentant à des poneys robustes.

Rusticité : Ils ont développé une capacité unique à se nourrir de la végétation locale (herbes tropicales, écorces) et à supporter des taux d'humidité élevés qui auraient causé des problèmes respiratoires ou cutanés chez des races non acclimatées.

Sabots d'acier : L'évolution sur les sentiers de roche volcanique a favorisé les individus dotés de sabots extrêmement denses et durs.

Avec l'arrivée des véhicules motorisés et la construction de routes circulaires sur les îles après la Seconde Guerre mondiale, l'utilité fonctionnelle du cheval a décliné. De nombreux animaux ont été relâchés ou laissés en pâture libre dans les vallées intérieures.

Cette période de semi-liberté a renforcé le caractère « indigène » de la race. Les chevaux se sont organisés en petites hardes sociales, retournant partiellement à un état sauvage tout en restant familiers avec les populations locales. Ils font aujourd'hui partie intégrante du paysage culturel et naturel, bien que leur nombre soit resté limité par la surface habitable des îles.