L'origine du Poney Chilote remonte à l'arrivée des Espagnols au Chili.

L'introduction initiale : En 1567, le capitaine Martín Ruiz de Gamboa fonde la ville de Castro sur l'île de Chiloé. Il y introduit les premiers chevaux, issus des stocks coloniaux espagnols (descendants directs des chevaux de Castille, du Barbe et du Sorraia).

L'isolement précoce : Dès la fin du XVIe siècle, après le grand soulèvement des Mapuches en 1598, les colonies espagnoles du sud du Chili furent coupées du reste du pays. Chiloé devint une enclave isolée, protégée par la mer, où les chevaux importés commencèrent à se reproduire en vase clos, sans aucun apport de sang extérieur pendant des siècles.

Le passage du cheval au poney ne fut pas le résultat d'un croisement, mais d'une adaptation évolutive aux conditions spécifiques de l'archipel.

Climat et Terrain : L'archipel de Chiloé se caractérise par des pluies constantes, des sols spongieux (tourbières) et une végétation dense. Les grands chevaux espagnols d'origine, trop lourds, avaient du mal à se déplacer sur ces sols mous.

Sélection Naturelle : Au fil des générations, la taille des animaux a diminué (phénomène de nanisme insulaire). Les individus plus petits, plus légers et dotés de sabots plus durs et larges ont mieux survécu. Ils ont développé une capacité unique à se nourrir d'algues marines et d'arbustes locaux lorsque l'herbe venait à manquer.

Pendant la période coloniale et après l'indépendance du Chili, le poney est devenu l'outil indispensable des habitants de l'île (les Chilotes).

Un rôle polyvalent : Contrairement aux chevaux de la vallée centrale utilisés pour le prestige ou le bétail, le Poney Chilote servait à tout : transporter le bois, tirer le goémon (algues), porter les produits de la ferme et servir de monture sur les sentiers escarpés de l'île.

Témoignages Historiques : Lors de son passage sur l'île en 1834, Charles Darwin nota dans ses carnets la robustesse et la petite taille de ces chevaux, soulignant leur incroyable endurance malgré leur apparence modeste.

Au milieu du XXe siècle, la race a failli disparaître à cause de la mécanisation et de l'introduction de chevaux de plus grande taille pour « améliorer » la race.

Le déclin : Le poney était perçu comme un signe de pauvreté rurale, et de nombreux agriculteurs ont commencé à croiser leurs poneys avec des chevaux de trait ou des Pur-sang.

Le sauvetage scientifique : Dans les années 1970 et 1980, des chercheurs de l'Université Australe du Chili ont réalisé que le Poney Chilote était un réservoir génétique unique au monde, resté pur depuis le XVIe siècle.

Reconnaissance Officielle (1998) : Après des années d'efforts de la part de l'association des éleveurs (ACHICH), la race est officiellement reconnue par le ministère de l'Agriculture du Chili en 1998. Un standard de race est établi pour protéger ce patrimoine vivant.