Resté très pur grâce à son isolement, le Chilote, nommé aussi Mampato, provient de chevaux que les conquérants espagnols ont introduits au Chili au XVIème siècle et descend probablement de l'Artuçon, du Galicien et du Pure Race Espagnol.

Les chevaux de cette époque étaient de petite taille et très rustiques, différents des chevaux ibériques actuels. Ces petits équidés avaient la préférence des explorateurs car ils nécessitaient moins de nourriture pendant le voyage en Amérique.

Il semblerait que les ancêtres du Chilote soient arrivés sur les îles Chiloé après 1598, avec les colons d'Osorno fuyant la rébellion Mapuche (littéralement « Peuple de la terre » en mapudungun). Dans les années qui suivirent, Chiloé fut séparé du reste du pays jusqu'à l'annexion du Chili en 1826. Ainsi, pendant plus de deux siècles, ces chevaux restèrent isolés des autres races et servaient de moyen de transport et de cargaison en terrain marécageux ou pierreux, sous un climat froid et pluvieux. Dans ces conditions d'isolement, leur apparence a peu changé, à l'exception de celles causées par la pression de sélection exercée par les communautés paysannes pour obtenir des animaux adaptés à leurs besoins.

À partir du XIXème siècle, l'intensification des relations avec le continent, amorcèrent un processus de mélange de chevaux Chilote avec d'autres races, principalement avec le Chilien. Pendant longtemps certains pensèrent que le Chilote était une race « dégénérée » et « laide » qui devait être améliorée avec des gènes étrangers.

Au début du XXème siècle, les caractéristiques distinctives du Chilote étaient en train de disparaître en raison des mélanges et du discrédit social associé à sa possession. En 1902, un voyageur écrivait « Les fameux chevaux lilliputiens, les Mampatos, qui étaient autrefois la plus grande célébrité de Chiloé à l'étranger, sont sur le point d'être éteints ».

Les initiatives de l'État visant à le conserver et à multiplier le Chilote ont débuté en 1998, par le biais d'un travail de l'Institut de recherche agricole du Chili, INIA, en collaboration avec d'autres institutions publiques et privées. Premièrement, une équipe de chercheurs de l'Université Austral a mené une étude génétique afin d'établir des relations de parenté avec d'autres races.

En 1999, elle a été officiellement enregistrée en tant que nouvelle race. Pour obtenir des échantillons représentatifs, les caractéristiques anatomiques de centaines d'individus ont été étudiées et, en fonction des résultats, un ensemble de mesures a été collectées, afin d'établir un standard, et ainsi recenser tous les chevaux pouvant être inclus dans le registre. Un total 450 individus a été enregistrés, mais on pense qu'il en reste encore plusieurs douzaines, qui vivent encore à l'état sauvage, qui pourraient également entrer dans cette catégorie.

L'INIA dispose de la station expérimentale Butalcura située dans la commune de Dalcahue, qui abrite le noyau fondateur. L'université Austral du Chili en utilise également quelques-uns dans le cadre d'un programme d'hippothérapie, en raison des avantages offerts par sa taille et son caractère modéré.

Le Chilote est une race très rare qui bénéficie aujourd'hui d'une surveillance.