Race autochtone et fierté de l'Écosse, le Clydesdale, qui porte le nom d'un ancien district, remonte au milieu du XVIIIème siècle, lorsque des chevaux originaires de Lanarkshire ont été croisés afin de produire plus de poids et de substance grâce à l'utilisation d'un étalon Flamand.

Le premier étalon a été importé par le sixième Duc de Hamilton et était de couleur alezan foncé. Il était gardé par ses locataires, qui l'utilisaient gratuitement. Le deuxième étalon, arrivé à peu près à la même époque, a été ramené par John Paterson d'Angleterre.

Il s'agissait de « Lochlyloch », un cheval Flamand, de couleur noire avec une marque en-tête et des petites marques blanches sur les membres. Après le croisement de ces chevaux, avec des juments locales noires ou brunes possédant une mouche de poils blancs sur le ventre, le sang de « Lochlyloch » est très rapidement devenu célèbre et particulièrement recherché.

La suite de l'histoire nous amène à l'époque de la jument qui est pratiquement dans chaque lignée du Clydesdale. En 1808, lors de la cession du cheptel de Monsieur Clarkson qui était le descendant de John Paterson, Monsieur Somerville de la ferme Lampits à Carstairs, fit l'acquisition d'une pouliche de deux ans, qui avait, sans aucun doute, les gènes de l'étalon Flamand « Lochlyloch ».

La pouliche produira, entre autres, un poulain noir, que l'on retrouve sous le nom de « Thompson's Black Horse », ou « Glancer » qui est aussi présent dans le pedigree des chevaux de la race d'aujourd'hui. « Glancer » avait des marques blanches sur les postérieurs et était décrit comme « ayant un corps net et solide posé sur des membres courts et épais avec de jolis crins soyeux et fluides ».

Par la suite, naîtront « Farmers Fancy » et « Glancer I », dont certains pensent que la descendance, a eu des effets bénéfiques durables sur la race.

C'est en 1826 qu'il sera fait mention de la race « Clydesdale » lors d'une exposition de la race à Glasgow. En 1860, « Farmer's Fancy » a produit une pouliche, nommée « Keir Peggy », qui donnera la vie à 5 pouliches et quatre poulains, dont « Darnley », un bai avec très peu de marques blanches. Cet étalon produira à son tour « MacGregor », « Top Gallant » et « Flashwood », dont le plus connu est « Top Gallant ». Il est le père de « Sir Everard » et grand-père de « Baron's Pride », qui engendrera, en 1900, un des fils les plus célèbres de la race qui sera élevé par William McKeich.

À son apogée, l'Écosse comptait environ 140 000 chevaux de ferme, sans compter ceux des villes, dont la plupart étaient de race la Clydesdale, en tout ou en partie. On sait qu'entre 1850 et 1880, un grand nombre des meilleurs étalons et quelques juments de bonne qualité étaient exportés chaque année, principalement en Australie et en Nouvelle Zélande.

C'est cependant après la création du registre généalogique, en 1878, que les exportations ont commencé à se chiffrer par centaines et que, de 1884 à 1945, 20 183 certificats d'exportation d'étalons, de juments et de poulains ont été délivrés par la Société du Cheval Clydesdale, fondée en 1877, pour des pays comme les États Unis, l'Amérique du Sud, la Russie, l'Italie et l'Autriche. La meilleure année est venue en 1911, lorsque 1617 étalons ont été exportés. Trois ans plus tard, le Clydesdale a été recrutés par l'armée pour servir dans la Première Guerre mondiale.

Les conditions qui régnaient au Royaume Uni pendant la Seconde Guerre mondiale nécessitèrent d'optimiser le secteur agricole et son niveau de productivité. Cela ne pouvait être atteint que par l'utilisation intensive du tracteur et, malheureusement, les chevaux ont été remplacés par une puissance mécanique.

Au cours des années 1960 et au début des années 1970, le cheptel du Clydesdale a diminué et en 1975, il a été classé comme « vulnérable » par le « Rare Breed Survival Trust ». Au fil des ans et avec l'augmentation du nombre de races, il est maintenant classé dans la catégorie « à risque ».

La race est déclarée à risque en 1998, selon les Informations reçues de la « Rare Breed Survival Trust ». En 2010, l'effectif mondial du Clydesdale est estimé à environ 5 000 individus, dont 4 000 sont élevés aux États Unis et au Canada, 800 au Royaume Uni, et les 200 restants dans des pays comme la Russie, le Japon, l'Allemagne et l'Afrique du Sud.

Un registre généalogique de la race existe au Canada, aux États Unis et en France sous le nom de « Association France Clydesdale ».