Presque tous les Comtois arborent aujourd'hui une robe alezan aux crins lavés (corps marron doré avec une crinière et une queue blondes). Cette caractéristique esthétique, très appréciée, est devenue le standard de la race, bien que la robe baie ait été historiquement présente.

La tête est carrée avec un front large, surmontée d'oreilles petites et mobiles. L'encolure est musclée, souvent courte et bien greffée, lui conférant une allure fière.

Le Comtois est réputé pour son tempérament calme, courageux et d'une grande douceur. Sa facilité d'apprentissage et sa patience en font l'une des races de trait les plus sûres pour les utilisateurs.

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