Doté d'une bonne longévité, le Comtois est un cheval de trait qui a une taille au garrot qui oscille entre 1,50 mètre et 1,65 mètre pour un poids avoisinant les 650 à 800 kilogrammes.

La couleur du pelage est généralement alezan foncé ou cuivré, avec des crins clairs, le bai est rare, mais accepté. Par contre les marques blanches à la tête et aux membres sont à éviter.

L'alezan n'a pas toujours été la couleur la plus rencontrée chez le Comtois, en effet, jusqu'à la Deuxième Guerre Mondiale, tous les Comtois étaient bais. Ce n'est qu'avec l'arrivée d'un étalon alezan nommé « Questeur », que l'alezan se généralisera. La plupart du temps les pelages dits « alezans comtois » dont les extrémités sont foncées, sont en réalité des bais qui sont porteurs du gène Silver.

Sa tête expressive a un oeil vif et de petites oreilles bien plantées et très mobiles, son encolure droite est musclée, son épaule longue est inclinée et large, son garrot est marqué, son dos est droit, ses reins courts sont bien attachés, sa croupe est large et ses membres sont bien définis.

Comme la plupart des chevaux de trait, le Comtois est un cheval doux. Il fait preuve de rusticité et montre une grande endurance.

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