Forgé par un environnement insulaire sévère, d'où il tire sa force et son caractère, le cheval Corse est au centre de plusieurs théories quant à l'apparition des chevaux sur l'île du même nom.

La première est avancée par les paléontologues qui affirment qu'un cheval de petite taille serait arrivé il y a au moins 4 millions d'années, en s'appuyant sur un squelette qui a été découvert en Corse.

La seconde théorie situe son arrivée il y a 1 million avant notre ère, et, est appuyé par les géologues qui soulignent le fait que la Corse, la Sardaigne et les îles Ligures de la Mer Tyrrhénienne étaient au Pléistocène (époque qui s'étend de 2,58 millions d'années à 11 700 ans avant le présent) réunies par le plateau tyrrhénien qui aurait permis l'apparition d'un équidé, qui ressemblait aux poneys de l'Inde et partageait les mêmes origines que l'ancien cheval Aryen, en Corse, au nord de la Tunisie et en Europe centrale.

Pour finir, la troisième théorie repose sur des écrits historiques, dont la plus ancienne est celle de Procope de Césarée (l'historien byzantin née en 500 et décédé en 554) qui avait observé que « sur cette île, il existe une race de cheval à peine plus grosse que le mouton ».

La présence du cheval Corse est attestée par de nombreuses autres traces écrites et iconographiques au fil des siècles, comme celle de l'abbé Gaudin au XVIIIème siècle qui écrivit « Nous sommes émerveillés par l'habileté de ces chevaux. Il est merveilleux et curieux de les regarder affronter tant de difficultés... ».

Ce qui est sûr, c'est que le cheval Corse, quelquefois nommé « u Paganacciu » (le rebelle) par la population, est présent depuis plusieurs centaines d'années sur l'Île. Utilisé comme moyen de transport, à l'attelage ou pour le bât, il a connu de multiples croisements par le passé comme avec le Barbe, l'Arabe et l'Espagnol.

Le cheval Corse jouera un rôle majeur pour les insulaires, il accompagnera la population de l'île à travers les siècles, à la campagne comme à la montagne, en temps de paix comme pendant les guerres. En 1768, après la victoire des Corses à Borgu, deux officiers déclareront « Nous avons été chargés par des cavaliers montés sur des petits chevaux. Ils galopaient dans des reliefs qui auraient interdit aux nôtres tout passage, même au pas ».

En 1989, le cheval Corse sera enfin protégée et, la reconnaissance de la race, qui viendra bien plus tard, au cours de l'année 2012, sera à l'initiative de l'association U Cavallu Corsu qui misera, notamment, sur l'aspect économique, l'élevage équin étant un moteur de développement et de revitalisation du milieu rural.

Les effectifs n'ont pas cessé de diminuer ces dernières années, en effet au début du XIXème siècle on en comptait 10 000, alors qu'en 2013 il restait à peine 180 individus. Pourtant en 1916, un intervenant prédisait déjà la disparition imminente de ce petit cheval victime de sa popularité, en particulier pour les activités de luxe.

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