Les racines du cheval corse plongent dans l'Antiquité, voire la Préhistoire.

L'isolement insulaire : On pense que les ancêtres de ce cheval sont arrivés sur l'île lors des migrations de peuples méditerranéens. L'isolement géographique de la Corse a permis de fixer des caractéristiques spécifiques : une petite taille adaptée aux sentiers étroits et une capacité à se nourrir de la végétation pauvre du maquis.

Le type « Paganu » : Historiquement, une partie de la population chevaline vivait à l'état sauvage ou semi-sauvage dans les montagnes (le type Paganu), capturée seulement pour les besoins des travaux agricoles ou de la guerre.

Pendant des siècles, le cheval corse a été le moteur de l'économie insulaire.

Un expert du relief : Contrairement aux chevaux de plaine, le cheval corse a développé un pied d'une sûreté absolue. Il était le seul capable de transporter des marchandises à travers les « chemins de chèvres » reliant les villages de montagne.

La production mulassière : La Corse était réputée pour sa production de mules et de mulets, issus du croisement entre l'âne corse et la jument corse. Ces hybrides étaient exportés dans toute la Méditerranée pour leur force de travail.

Si l'image de Napoléon Ier est souvent associée au Pur-sang Arabe, l'Empereur, né à Ajaccio, connaissait parfaitement les qualités des chevaux de sa terre natale.

L'endurance au service de l'Empire : Bien que trop petit pour la cavalerie lourde, le cheval corse a été utilisé pour les estafettes (courriers) et le transport léger. Sa capacité à parcourir de longues distances avec très peu de nourriture en faisait un auxiliaire précieux dans les campagnes militaires difficiles.

Au XIXe siècle, le cheval est partout en Corse. Il est utilisé pour le dépiquage du blé (on faisait tourner les chevaux sur l'aire à battre), le transport des personnes et les fêtes traditionnelles. Sa robe noire ou baie foncée devient un élément du paysage corse. C'est un cheval « familial », souvent traité avec un grand respect par les bergers et les paysans.

Comme partout en Europe, la mécanisation des années 1950 a failli sonner le glas de la race.

L'oubli : Avec l'arrivée de la voiture et du tracteur, le cheval corse perd son utilité utilitaire. Les effectifs chutent drastiquement.

La perte d'identité : Pour tenter de « grandir » le cheval corse et le rendre plus apte aux loisirs modernes, de nombreux croisements anarchiques sont pratiqués avec des trotteurs ou des chevaux de selle, menaçant de diluer totalement le sang originel.

À la fin des années 1990, des éleveurs passionnés se regroupent au sein de l'association U Cavallu Corsu pour sauver la souche historique.

Le travail scientifique : Des études génétiques et morphologiques sont menées pour prouver que le cheval corse est une entité distincte et non un simple « poney » dégénéré.

L'officialisation : Le combat porte ses fruits le 24 février 2012, date à laquelle le Cheval Corse est officiellement reconnu par le Ministère de l'Agriculture français comme la 53ème race équine de France.