Descendant probable des chevaux amenés sur l'île de Crète en Grèce vers l'année 1500, le Crétois, autrefois nommé le Messara du nom de la plaine d'où il est originaire, est une race de petit chevaux, sans doute influencée par l'Arabe Turque, qui serait issue du Pindos, un poney élevé dans les montagnes du pays.

Auparavant la race était florissante, en effet, en 1928 près de 6000 individus pâturaient sur l'île de Crète. Mais au cours de l'année 1993, Sotiris Kostopoulos, un député, alerte la commission européenne de la menace qui pèse sur le cheval Crétois. C'est ainsi que l'année qui suit, le Stud-book de la race sera créé, où seulement 81 mâles et 101 juments vont être enregistrés. Le cheval Crétois va également être reconnu officiellement, peu de temps après.

L'urgence d'un plan de protection va être mise en évidence, quand il ne restera pas plus de 100 sujets en 2003, surtout que lors du recensement officiel, effectué l'année suivante, seulement 36 individus en race pure vont être trouvés.

Il faudra attendre 2011 pour qu'un programme de conservation soit actif, ce qui va engendrer une petite augmentation du cheptel. Depuis lors, l'Association « Sýllogo Georgalídikon Alógon » a été fondée et oeuvre pour sauver cette race unique aux qualités incomparables.

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