La race est classée comme rare et protégée. Le gouvernement grec, avec le soutien de l'Union Européenne, a mis en place un programme de sauvegarde pour éviter l'extinction des lignées pures, menacées par le passé par la motorisation et les croisements anarchiques.

L'élevage hors de Grèce reste extrêmement limité. On trouve quelques rares spécimens en Europe du Nord (notamment en Allemagne et aux Pays-Bas) chez des passionnés de chevaux d'allures, mais le Messara demeure un trésor essentiellement grec et endémique à son île.

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