Descendant du Cheval Colonial Espagnol, le Criollo Paraguayen, est une race originaire, comme son nom l'indique, du Paraguay, pays dans lequel il serait arrivé vers 1541 avec l'expédition d'Álvar Núñez Cabeza de Vaca.
Ce groupe aurait ensuite été complété par des chevaux qui auraient rejoint le Paraguay, après avoir été introduits par Mendoza à Buenos Aires.
Le modèle que l'on connaît aujourd'hui est le fruit d'une adaptation environnementale et de la sélection naturelle.
Le niveau éventuel de menace qui pèse sur cette race locale, ainsi que son effectif, ne sont pas connus.