Descendant des chevaux ibériques d'Égypte, sans doute en provenance de la Numidie, qui est un ancien royaume berbère situé dans ce qui est maintenant l'Algérie, à la fin du XIIIème siècle, le Dongola est une race qui devient de plus en plus rare.

La première raison de la diminution du cheptel a probablement été causée par les élevages mixtes où de multiples croisements ont été effectués avec l'Arabe, le Barbe, et le Barbe Arabe. Mais selon certains, il y a un second facteur qui explique le faible effectif de la race, ce serait une mauvaise gestion de l'élevage. En effet, pendant longtemps les étalons ont été favorisés à l'instar des juments, et ceux-ci étaient divisés en deux groupes, les plus forts étaient réservés à la monte et aux courses tandis que les plus faibles étaient laissés à la reproduction, le résultat est tout simplement une descendance faible.

De nos jours l'effectif du Dongola n'est pas connu, car le dernier, considéré comme peu fiable, a eu lieu en 1994, et indiquait une population située entre 6100 et 10000 individus, avec une nette tendance à la baisse.