Race très ancienne, l'Eriskay, aussi pure que rare, du fait des difficultés d'accès à son habitat naturel, est le descendant de poneys celtiques qui ont été domestiqués et amenés sur l'île d'Eriskay.
Pendant longtemps il a vécu en troupeaux semi-sauvages, puis au cours du XIXème siècle, il a été utilisé pour le travail dans les fermes et le transport, période pendant laquelle il a été croisé avec des chevaux plus grands et plus lourds afin d'être plus adapté aux travaux agricoles. Les descendants de ces croisements, influencés par le Fjord, sont nommés « the cross » et sont assez proches du Highland.
Une partie du cheptel a été préservée des croisements du fait de son isolement et l'Eriskay représente aujourd'hui le dernier survivant de ces poneys celtiques qui peuplaient autrefois toutes les Hébrides et qui ont été influencés par les races du nord (du type poney Féroé et Islandais).
Cependant, lors de la généralisation de la mécanisation et jusqu'au début des années 1970, son utilité fut moindre et la population équine de la race à diminuer jusqu'à n'être qu'un petit groupe d'une vingtaine d'individus.
Un groupe de passionnés, composé d'un prêtre, d'un médecin, d'un vétérinaire, d'un scientifique et de petits entrepreneurs, se sont réunis et ont décidé de le sauver. Grâce à leur travail acharné et à la constitution de groupes de reproducteurs dans les îles britanniques, leur nombre a régulièrement augmenté.
C'est en février 1972, qu'une association est créée afin de faire connaître la situation de l'Eriskay. Elle prend initialement un nom en gaélique écossais « Comman Each nan Eilean » (soit la Société des Chevaux de l'Île). Plus tard le nom deviendra « Eriskay pony society » pour mieux se faire reconnaître à l'échelle nationale et permettre de mieux localiser la race. En 1995, elle obtient la régulation de l'Eriskay au niveau européen.
C'est une race très menacée avec seulement 400 individus dans le monde et les effectifs reste stable grâce au travail ses protecteurs. Des programmes d'élevage et de sauvegarde sont mis en place pour préserver l'Eriskay de l'extinction et de la consanguinité, mesures indispensables pour sa subsistance.
Selon l'Informations reçues de la Rare Breed Survival Trust Breed Society, la race a été reconnue comme à risque à l'échelle nationale et rare en 2002.