Contrairement à la majorité des pays, ce n'est pas uniquement la généralisation de la mécanisation qui a causé cette incroyable hécatombe, mais également la grande crise agricole, c'est la raison pour laquelle le pays a la densité la plus faible de chevaux par habitant en Europe.
Grâce à l'activité équestre, qui s'est développée ces dernières années, certaines races locales, qui sont toutes en danger d'extinction, bénéficient de mesures de conservation et de protection.
Le pays est le berceau de l'Estonien, le proche descendant du cheval du nord, du Tori, une race récente directement liée au haras du même nom, et du Trait Estonien, une race estonienne de chevaux de trait en danger d'extinction.
Dans le domaine de l'élevage de races étrangères, on peut notamment citer le Trakehner, une des plus anciennes races de chevaux de sport au monde.
La population équine de l'Estonie a considérablement diminué, au cours du XXème siècle, puisque la population équine, qui comptait 220 000 individus en 1927, est passée, de nos jours, à 5700 en 2008.