Proche descendant du cheval du Nord, qui évoluait autrefois dans les zones forestières, l'Estonien, dont les origines remontent au XIème siècle, est une ancienne race de chevaux dont l'histoire est directement liée à celle de l'agriculture en Estonie. Constituant un des deux survivants des races animales du pays, il a peu été sujet aux croisements, ce qui en fait un cheval assez pur par rapport aux autres races de chevaux de l'URSS.

Provenant vraisemblablement de Novgorod en Russie au cours du XIVème siècle et XVème siècle pour assurer les travaux des champs en Estonie où l'agriculture est en plein essor, les chevaux indigènes ancêtre de l'Estonien seront croisés avec des races plus lourdes et plus grandes.

Répandu sur l'ensemble du pays au cours du XIXème siècle, l'Estonien sera peu à peu retranché vers la Mer Baltique et les îles alentours.

C'est en 1856 qu'un Haras, qui est à l'origine du Tori, se lance dans l'élevage de la race en le croisant avec des Carrossiers et divers chevaux de selle. Il faudra attendre plus de 60 ans pour que le Stud-book soit créé en 1921 sous le nom de l'« Estonien Natif ». Au cours de la même année et jusqu'en 1937, l'Estonien sera croisé avec 13 étalons Finlandais, ce qui a très peu influencé la taille et la morphologie générale de la race, en effet, ses mensurations demeureront presque inchangées entre 1921 et 1997.

Comme beaucoup de races de chevaux de trait, la généralisation de la motorisation provoquera un fort déclin de l'effectif, qui sera aggravé par la Seconde Guerre mondiale (de 1939 à 1945), ainsi à la fin du XXème siècle le nombre d'individus sera d'environ 500 au lieu de 12000. On considère que l'influence qu'ont eue les croisements avec le Fjord et le Finlandais est également une des causes de cette diminution.

Presque éteint, avec quelques survivants sur les îles de Saaremaa, Hiiumaa et Muhu, il doit la conservation de son capital génétique, pendant la période soviétique (de 1917 à 1953), à quelques Haras du pays. Au cours des années 1970 à 1980, les chevaux rescapés seront croisés avec l'Arabe, sous l'autorité de l'URSS.

C'est grâce à une société d'éleveurs, créée au cours de l'année 1992, que l'Estonien connaîtra un nouveau souffle. La race sera l'objet, entre 1996 et 2003, d'une évaluation, période pendant laquelle l'association pour la préserver sera créée au cours de l'année 2000.

Devenu rare, il a été défini comme une des races les plus menacées du monde. Au recensement de 2007 son effectif était estimé à environ 650 individus.

Afin de mieux faire connaître la race, l'Estonien a été présenté au salon international de Saint Pétersbourg en mai 2014.